RSCU 计算器
计算编码序列的相对同义密码子使用度（RSCU）。RSCU 衡量的是某密码子的实际使用频率与假设该氨基酸的所有同义密码子被均等使用时的预期频率之比——高于 1 表示受偏好，低于 1 表示被回避。
在上方粘贴编码序列以计算 RSCU。
使用方法
相对同义密码子使用度（RSCU）对密码子计数进行归一化处理，使密码子偏好性可以独立于氨基酸组成进行比较。对每个密码子而言，RSCU 是其实际出现次数除以假设该氨基酸的每个同义密码子被均等使用时的预期次数。其计算方法为该密码子的计数乘以该氨基酸的同义密码子数，再除以该氨基酸的总计数。
RSCU 为 1 表示该密码子的使用频率恰好符合预期。高于 1 表示该密码子被过度使用（受偏好），低于 1 表示使用不足；只有单一密码子的氨基酸（Met、Trp）的 RSCU 始终为 1。请粘贴按阅读框 1 读取的编码序列——过度使用的密码子会被高亮显示。
示例
- 两个同义密码子被均等使用时，各自的 RSCU 为 1.0。
- 如果 AAA 使用三次而 AAG 使用一次（均编码赖氨酸），RSCU 分别为 1.5 和 0.5。
- 甲硫氨酸（ATG）和色氨酸（TGG）的 RSCU 始终为 1——它们没有同义密码子。
常见问题
- 什么是 RSCU？
- 相对同义密码子使用度是某密码子实际观测频率与假设同义密码子均等使用时预期频率之比。它揭示了独立于氨基酸组成的密码子偏好性。
- RSCU 是如何计算的？
- RSCU = （观测计数 × 该氨基酸的同义密码子数）÷（该氨基酸所有密码子的总计数）。值为 1 表示没有偏好。
- 高于或低于 1 的值代表什么？
- 高于 1 表示该密码子的使用频率高于预期（过度使用或受偏好）；低于 1 表示使用频率低于预期（使用不足）。恰好为 1 表示与无偏预期一致。
- 为什么有些密码子的值始终为 1？
- 由单一密码子编码的氨基酸——甲硫氨酸（ATG）和色氨酸（TGG）——没有同义的替代密码子，因此它们的 RSCU 始终为 1。