GC 偏斜绘图工具
以窗口方式沿 DNA 序列绘制 GC 偏斜 (G−C)/(G+C)，并同时显示累积偏斜。累积 GC 偏斜的转折点通常标志着细菌基因组的复制起点和终点。
在上方粘贴 DNA 序列以绘制其 GC 偏斜。
使用方法
GC 偏斜衡量的是某条链上鸟嘌呤与胞嘧啶之间的局部不平衡：(G − C) ÷ (G + C)。这里以沿序列不重叠的窗口计算，并将累积偏斜（各窗口值的累计总和）与之一同绘制。
GC 偏斜具有生物学意义，因为复制中基因组的前导链和滞后链会积累不同的突变偏好。在许多细菌染色体中，累积 GC 偏斜在复制起点处达到最小值，在终点处达到最大值，因此累积曲线的转折点有助于定位这些特征。请根据你的序列长度选择合适的窗口大小；FASTA 标题和非字母字符会被忽略。
示例
- 富含 G 的 GC 富集窗口给出正偏斜；富含 C 的窗口给出负偏斜。
- 累积曲线的最小值通常标志着细菌的复制起点。
- 均衡的 GGCC 窗口偏斜为 0。
常见问题
- 什么是 GC 偏斜？
- GC 偏斜是在一个序列窗口内测得的 (G − C) ÷ (G + C)。它反映了鸟嘌呤与胞嘧啶含量之间的链不对称性。
- 为什么要绘制累积偏斜？
- 累积和能够平滑局部噪声，揭示大尺度趋势。其转折点常常与细菌基因组中的复制起点和终点重合。
- 应该使用多大的窗口？
- 这取决于序列长度——对于完整基因组，通常为几百到几千个碱基，短序列则应使用更小的窗口。如有需要，工具会将窗口大小限制在序列长度以内。
- 是否接受 FASTA 格式？
- 接受。在计算偏斜之前，FASTA 标题、空白和数字会被自动去除。