密码子使用计算器
粘贴编码序列以统计每个密码子的使用频率——总计数、每千个密码子的频率，以及每个密码子在其氨基酸同义密码子中所占的比例。序列按阅读框 1 读取；U 按 T 处理。
在上方粘贴编码序列以查看其密码子使用情况。
使用方法
密码子使用描述了 61 个有义密码子（及 3 个终止密码子）各自用于编码蛋白质的频率。由于大多数氨基酸由多个密码子指定，生物体和高表达基因往往偏好特定的同义密码子——这种偏好性对基因表达以及优化合成基因都很重要。
本计算器按阅读框 1 每次读取三个碱基，并统计每个密码子的出现次数。对每个密码子，它会报告原始计数、每千个密码子的频率，以及该密码子在同一氨基酸同义密码子中所占的比例。请粘贴单条编码序列；FASTA 标题、空格和数字会被忽略，U 按 T 处理。
示例
- 全部由 ATG 重复组成的序列显示 ATG（Met）的比例为 1.00。
- 每千个密码子的频率可用于比较不同长度序列之间的密码子使用情况。
- 比例列揭示了每种氨基酸内部的同义密码子偏好。
常见问题
- 什么是密码子使用偏好？
- 它是指编码同一氨基酸的同义密码子被不均等使用的现象。基因组和高表达基因通常偏好与丰富 tRNA 相匹配的特定密码子。
- 每千个的频率是什么意思？
- 它将原始计数标准化为每千个密码子的比率，从而可以比较不同长度序列之间的密码子使用情况。
- 比例列是什么？
- 它是某个密码子在其氨基酸所有同义密码子中所占的比例。如果亮氨酸被编码 10 次，其中 CTG 占 4 次，那么 CTG 的比例就是 0.40。
- 使用的是哪个阅读框？
- 序列从第一个碱基开始按阅读框 1 读取。请确保你输入的是处于正确阅读框中的编码序列——例如从起始密码子开始。