Calculadora de RSCU
Calcule o Uso Relativo de Codões Sinónimos (RSCU) de uma sequência codificante. O RSCU mede a frequência com que um codão é usado em comparação com o que seria de esperar se todos os codões sinónimos do seu aminoácido fossem usados igualmente — valores acima de 1 são favorecidos, abaixo de 1 são evitados.
Cole uma sequência codificante acima para calcular o RSCU.
Como funciona
O Uso Relativo de Codões Sinónimos (RSCU) normaliza as contagens de codões para que a preferência por codões possa ser comparada independentemente da composição de aminoácidos. Para cada codão, o RSCU é o número observado de ocorrências dividido pelo número esperado se todos os codões sinónimos desse aminoácido fossem usados igualmente. É igual à contagem multiplicada pelo número de codões sinónimos, dividido pela contagem total desse aminoácido.
Um RSCU de 1 significa que o codão é usado exatamente com a frequência esperada. Valores acima de 1 assinalam codões sobrerrepresentados (preferidos) e valores abaixo de 1 assinalam codões subrrepresentados; os codões para aminoácidos com um único codão (Met, Trp) são sempre 1. Cole uma sequência codificante lida na grelha 1 — os codões sobrerrepresentados são destacados.
Exemplos
- O uso igual de dois codões sinónimos dá um RSCU de 1,0 para cada um.
- Se AAA for usado três vezes e AAG uma vez (ambos Lisina), o RSCU é 1,5 e 0,5.
- A metionina (ATG) e o triptofano (TGG) têm sempre RSCU 1 — não têm sinónimos.
Perguntas frequentes
- O que é o RSCU?
- O Uso Relativo de Codões Sinónimos é o rácio entre a frequência observada de um codão e a sua frequência esperada num uso sinónimo equitativo. Revela a preferência por codões independentemente do conteúdo em aminoácidos.
- Como se calcula o RSCU?
- RSCU = (contagem observada × número de codões sinónimos do aminoácido) ÷ (contagem total de todos os codões desse aminoácido). Um valor de 1 significa ausência de viés.
- O que significam valores acima ou abaixo de 1?
- Acima de 1 significa que o codão é usado mais do que o esperado (sobrerrepresentado ou preferido); abaixo de 1 significa que é usado menos do que o esperado (subrrepresentado). Exatamente 1 significa que corresponde à expectativa sem viés.
- Porque é que alguns codões são sempre 1?
- Os aminoácidos codificados por um único codão — metionina (ATG) e triptofano (TGG) — não têm alternativas sinónimas, pelo que o seu RSCU é sempre 1.