Gráfico de Assimetria GC
Represente graficamente a assimetria GC, (G−C)/(G+C), ao longo de uma sequência de ADN em janelas, juntamente com a assimetria cumulativa. As mudanças na assimetria GC cumulativa marcam frequentemente a origem e o término de replicação de genomas bacterianos.
Cole uma sequência de ADN acima para representar graficamente a sua assimetria GC.
Como funciona
A assimetria GC mede o desequilíbrio local entre a guanina e a citosina numa cadeia: (G − C) ÷ (G + C). Aqui é calculada em janelas não sobrepostas ao longo da sequência, e a assimetria cumulativa — o total corrente dos valores por janela — é representada graficamente ao lado.
A assimetria GC é biologicamente informativa porque as cadeias avançada e atrasada de um genoma em replicação acumulam vieses mutacionais diferentes. Em muitos cromossomas bacterianos, a assimetria GC cumulativa atinge um mínimo na origem de replicação e um máximo no término, pelo que os pontos de inflexão da curva cumulativa ajudam a localizar estas características. Escolha um tamanho de janela adequado ao comprimento da sua sequência; os cabeçalhos FASTA e caracteres não alfabéticos são ignorados.
Exemplos
- Uma janela rica em GC (com excesso de G) dá uma assimetria positiva; uma janela rica em C dá uma assimetria negativa.
- O mínimo da curva cumulativa marca frequentemente a origem de replicação em bactérias.
- Uma janela GGCC equilibrada tem uma assimetria de 0.
Perguntas frequentes
- O que é a assimetria GC?
- A assimetria GC é (G − C) ÷ (G + C) medida numa janela de sequência. Capta a assimetria entre cadeias no conteúdo de guanina e citosina.
- Porque representar a assimetria cumulativa?
- A soma cumulativa suaviza o ruído local e revela tendências de grande escala. Os seus pontos de inflexão coincidem frequentemente com a origem e o término de replicação em genomas bacterianos.
- Que tamanho de janela devo usar?
- Depende do comprimento da sequência — algumas centenas a alguns milhares de bases para genomas inteiros, menos para sequências curtas. A ferramenta ajusta a janela ao comprimento da sequência se necessário.
- Aceita FASTA?
- Sim. Os cabeçalhos FASTA, espaços em branco e números são removidos automaticamente antes de calcular a assimetria.