Calculadora de Uso de Codões
Cole uma sequência codificante para tabular a frequência de uso de cada codão — contagens totais, frequência por 1000 codões, e a fração que cada codão representa entre os codões sinónimos do seu aminoácido. A sequência é lida na grelha 1; U é tratado como T.
Cole uma sequência codificante acima para ver o seu uso de codões.
Como funciona
O uso de codões descreve a frequência com que cada um dos 61 codões sentido (e os 3 codões de paragem) é usado para codificar uma proteína. Como a maioria dos aminoácidos é especificada por mais do que um codão, os organismos e os genes altamente expressos tendem a favorecer determinados codões sinónimos — um viés que importa para a expressão génica e para a otimização de genes sintéticos.
Esta calculadora lê a sua sequência na grelha 1, três bases de cada vez, e conta cada codão. Para cada codão, indica a contagem bruta, a frequência por 1000 codões, e a fração que representa entre os codões sinónimos do mesmo aminoácido. Cole uma única sequência codificante; os cabeçalhos FASTA, espaços e números são ignorados e U é lido como T.
Exemplos
- Uma sequência de repetições ATG mostra ATG (Met) com uma fração de 1,00.
- A frequência por 1000 permite comparar o uso de codões entre sequências de comprimento diferente.
- A coluna de fração revela a preferência por codões sinónimos dentro de cada aminoácido.
Perguntas frequentes
- O que é o viés de uso de codões?
- É o uso desigual de codões sinónimos — codões que codificam o mesmo aminoácido. Os genomas e os genes altamente expressos preferem frequentemente determinados codões que correspondem a ARNt abundantes.
- O que significa frequência por 1000?
- Normaliza a contagem bruta para uma taxa por 1000 codões, permitindo comparar o uso de codões entre sequências de comprimentos diferentes.
- O que é a coluna de fração?
- É a proporção de um codão entre todos os codões sinónimos do seu aminoácido. Se a leucina for codificada 10 vezes e CTG corresponder a 4 delas, a fração de CTG é 0,40.
- Que grelha de leitura é usada?
- A sequência é lida na grelha 1, começando na primeira base. Certifique-se de que a sua entrada é uma sequência codificante em grelha — por exemplo, começando no codão de início.