Calculadora de Tm de Oligo
Calcule a temperatura de fusão de um oligo de DNA ou primer de PCR. O valor principal usa o método do vizinho mais próximo (SantaLucia 1998) com correção de sal; a regra básica de Wallace e a estimativa por GC% são mostradas para comparação.
Informe uma sequência de DNA (apenas A, C, G, T) para calcular sua Tm.
Como funciona
A temperatura de fusão (Tm) é a temperatura na qual metade de uma dupla-fita de DNA está dissociada em fitas simples. A estimativa mais precisa para oligos usa termodinâmica do vizinho mais próximo: cada passo entre pares de bases adjacentes contribui com uma entalpia (ΔH) e entropia (ΔS) conhecidas, e a Tm segue de Tm = ΔH / (ΔS + R·ln(C_T/4)) com uma correção para a concentração de sal. Esta calculadora usa os parâmetros unificados de SantaLucia 1998.
A concentração de cátions monovalentes (Na⁺) e a concentração da fita de oligo afetam a Tm, então informe os valores da sua reação. Para verificações rápidas, a regra de Wallace — 2 °C por A/T e 4 °C por G/C — funciona para oligos curtos, e uma fórmula baseada em GC% é mostrada para sequências mais longas. A sequência deve conter apenas A, C, G e T (U é lido como T).
Exemplos
- GTAAAACGACGGCCAGT (primer forward M13) funde em torno de 50 °C a 50 mM de Na⁺.
- Regra de Wallace: para um oligo de 17 bases com 8 A/T e 9 G/C, Tm = 2×8 + 4×9 = 52 °C.
- Aumentar a concentração de sal ou a concentração do oligo eleva a Tm.
Perguntas frequentes
- Qual método é mais preciso?
- O método do vizinho mais próximo é o mais preciso para oligonucleotídeos porque leva em conta a identidade das bases vizinhas, não apenas o conteúdo geral de GC. É o valor principal apresentado aqui.
- Por que a concentração de sal e do oligo importam?
- Cátions estabilizam a dupla-fita de DNA, elevando a Tm, e uma concentração mais alta da fita desloca o equilíbrio em direção à dupla-fita. Ambos aparecem na equação do vizinho mais próximo, então informar os valores da sua reação fornece uma Tm realista.
- Quando a regra de Wallace é suficiente?
- A regra de Wallace (2 °C por A/T, 4 °C por G/C) é uma estimativa rápida razoável para oligos com menos de cerca de 14 bases, mas ignora sal, concentração e contexto de sequência, então se desvia para primers mais longos.
- Ela trata RNA ou bases ambíguas?
- A uracila é lida como timina, mas os parâmetros do vizinho mais próximo são para DNA. Códigos IUPAC ambíguos não são suportados — a sequência deve ser A, C, G e T (ou U).