Calculadora de RSCU
Calcule o Uso Relativo de Códons Sinônimos (RSCU) de uma sequência codificante. O RSCU mede com que frequência um códon é usado em comparação com o esperado se todos os códons sinônimos de seu aminoácido fossem usados igualmente — valores acima de 1 são favorecidos, abaixo de 1 são evitados.
Cole uma sequência codificante acima para calcular o RSCU.
Como funciona
O Uso Relativo de Códons Sinônimos (RSCU) normaliza as contagens de códons para que a preferência de códons possa ser comparada independentemente da composição de aminoácidos. Para cada códon, o RSCU é o número observado de ocorrências dividido pelo número esperado se cada códon sinônimo daquele aminoácido fosse usado igualmente. Ele é igual à contagem multiplicada pelo número de códons sinônimos, dividida pela contagem total daquele aminoácido.
Um RSCU de 1 significa que o códon é usado exatamente com a frequência esperada. Valores acima de 1 marcam códons super-representados (preferidos) e valores abaixo de 1 marcam os sub-representados; códons de aminoácidos com um único códon (Met, Trp) são sempre 1. Cole uma sequência codificante lida no quadro 1 — códons super-representados são destacados.
Exemplos
- O uso igual de dois códons sinônimos dá RSCU 1,0 para cada um.
- Se AAA é usado três vezes e AAG uma vez (ambos Lisina), o RSCU é 1,5 e 0,5.
- Metionina (ATG) e triptofano (TGG) sempre têm RSCU 1 — não possuem sinônimos.
Perguntas frequentes
- O que é RSCU?
- O Uso Relativo de Códons Sinônimos é a razão entre a frequência observada de um códon e sua frequência esperada sob uso sinônimo igualitário. Ele revela a preferência de códons independentemente do conteúdo de aminoácidos.
- Como o RSCU é calculado?
- RSCU = (contagem observada × número de códons sinônimos do aminoácido) ÷ (contagem total de todos os códons daquele aminoácido). Um valor de 1 significa nenhum viés.
- O que significam valores acima ou abaixo de 1?
- Acima de 1 significa que o códon é usado mais do que o esperado (super-representado ou preferido); abaixo de 1 significa que é usado menos do que o esperado (sub-representado). Exatamente 1 significa que corresponde à expectativa sem viés.
- Por que alguns códons são sempre 1?
- Aminoácidos codificados por um único códon — metionina (ATG) e triptofano (TGG) — não têm alternativas sinônimas, então seu RSCU é sempre 1.