Conversor de IUPAC para Regex
Transforme um motivo de nucleotídeos degenerado escrito com códigos de ambiguidade IUPAC em uma expressão regular. Cole o resultado em qualquer ferramenta compatível com regex para buscar o motivo em uma sequência de DNA.
Informe um motivo de nucleotídeos IUPAC para obter sua regex.
Como funciona
Os códigos de ambiguidade IUPAC permitem que uma única letra represente várias bases possíveis: N é qualquer base, R é A ou G, Y é C ou T, W é A ou T, S é G ou C, e assim por diante. Para buscar um motivo degenerado em uma sequência, cada código é expandido em uma classe de caracteres de expressão regular — por exemplo, N se torna [ACGT] e R se torna [AG] — enquanto bases não ambíguas permanecem como estão.
Informe um motivo e o conversor constrói a expressão regular equivalente. Cole-a em uma linguagem de programação, em um editor de texto ou na busca por regex de um navegador de genoma para encontrar todas as correspondências do motivo, incluindo todas as possibilidades ambíguas.
Exemplos
- GGNCC → GG[ACGT]CC (corresponde a GGACC, GGCCC, GGGCC, GGTCC).
- GAATTC → GAATTC (o sítio EcoRI, sem ambiguidade).
- WS → [AT][GC].
Perguntas frequentes
- O que são códigos de ambiguidade IUPAC?
- São códigos de uma única letra que representam um conjunto de nucleotídeos, como R para purinas (A/G), Y para pirimidinas (C/T) e N para qualquer base. São usados para descrever primers e motivos degenerados.
- Como a regex é construída?
- Cada código é substituído por uma classe de caracteres com as bases que representa — N se torna [ACGT], R se torna [AG] — e as bases simples permanecem inalteradas, produzindo um padrão que corresponde a toda sequência possível do motivo.
- Onde posso usar a regex?
- Em qualquer lugar em que expressões regulares sejam suportadas: uma linguagem de programação, a busca de um editor de código, ferramentas de linha de comando como grep, ou uma caixa de busca de sequências que aceite regex.
- É sensível a maiúsculas e minúsculas?
- O conversor coloca o motivo em maiúsculas, então o padrão resultante corresponde a sequências em maiúsculas. Adicione uma flag de não diferenciação de maiúsculas/minúsculas no seu mecanismo de regex se também precisar corresponder a bases em minúsculas.