Plotador de GC Skew
Plote o GC skew, (G−C)/(G+C), ao longo de uma sequência de DNA em janelas, junto com o skew acumulado. Mudanças no GC skew acumulado frequentemente marcam a origem e o término de replicação de genomas bacterianos.
Cole uma sequência de DNA acima para plotar seu GC skew.
Como funciona
O GC skew mede o desequilíbrio local entre guanina e citosina em uma fita: (G − C) ÷ (G + C). Ele é calculado aqui em janelas não sobrepostas ao longo da sequência, e o skew acumulado — a soma corrente dos valores por janela — é plotado junto com ele.
O GC skew é biologicamente informativo porque as fitas líder e retardada de um genoma em replicação acumulam vieses mutacionais diferentes. Em muitos cromossomos bacterianos, o GC skew acumulado atinge um mínimo na origem de replicação e um máximo no término, então os pontos de inflexão da curva acumulada ajudam a localizar essas características. Escolha um tamanho de janela apropriado para o comprimento de sua sequência; cabeçalhos FASTA e caracteres que não são letras são ignorados.
Exemplos
- Uma janela rica em GC (com excesso de G) dá um skew positivo; uma janela com excesso de C dá um skew negativo.
- O mínimo da curva acumulada frequentemente marca a origem de replicação em bactérias.
- Uma janela GGCC balanceada tem skew de 0.
Perguntas frequentes
- O que é GC skew?
- GC skew é (G − C) ÷ (G + C) medido sobre uma janela de sequência. Ele captura a assimetria entre fitas quanto ao conteúdo de guanina e citosina.
- Por que plotar o skew acumulado?
- A soma acumulada suaviza o ruído local e revela tendências em larga escala. Seus pontos de inflexão frequentemente coincidem com a origem e o término de replicação em genomas bacterianos.
- Qual tamanho de janela devo usar?
- Depende do comprimento da sequência — algumas centenas a alguns milhares de bases para genomas completos, menor para sequências curtas. A ferramenta ajusta a janela ao comprimento da sequência se necessário.
- Ela aceita FASTA?
- Sim. Cabeçalhos FASTA, espaços em branco e números são removidos automaticamente antes do cálculo do skew.