Calculadora de Uso de Códons
Cole uma sequência codificante para tabular com que frequência cada códon é usado — contagens totais, frequência por 1000 códons e a fração que cada códon representa entre os códons sinônimos de seu aminoácido. A sequência é lida no quadro 1; U é tratado como T.
Cole uma sequência codificante acima para ver seu uso de códons.
Como funciona
O uso de códons descreve com que frequência cada um dos 61 códons sentido (e os 3 códons de parada) é usado para codificar uma proteína. Como a maioria dos aminoácidos é especificada por mais de um códon, organismos e genes altamente expressos tendem a favorecer certos códons sinônimos — um viés que importa para a expressão gênica e para a otimização de genes sintéticos.
Esta calculadora lê sua sequência no quadro 1, três bases de cada vez, e conta cada códon. Para cada códon, ela reporta a contagem bruta, a frequência por 1000 códons e a fração que ele representa entre os códons sinônimos do mesmo aminoácido. Cole uma única sequência codificante; cabeçalhos FASTA, espaços e números são ignorados e U é lido como T.
Exemplos
- Uma sequência de repetições ATG mostra ATG (Met) com fração 1,00.
- A frequência por 1000 permite comparar o uso de códons entre sequências de comprimentos diferentes.
- A coluna de fração revela a preferência de códons sinônimos dentro de cada aminoácido.
Perguntas frequentes
- O que é viés de uso de códons?
- É o uso desigual de códons sinônimos — códons que codificam o mesmo aminoácido. Genomas e genes altamente expressos costumam preferir certos códons que combinam com tRNAs abundantes.
- O que significa frequência por 1000?
- Ela normaliza a contagem bruta para uma taxa por 1000 códons, permitindo comparar o uso de códons entre sequências de comprimentos diferentes.
- O que é a coluna de fração?
- É a proporção de um códon entre todos os códons sinônimos de seu aminoácido. Se a leucina é codificada 10 vezes e CTG representa 4 delas, a fração de CTG é 0,40.
- Qual quadro de leitura é usado?
- A sequência é lida no quadro 1, começando na primeira base. Certifique-se de que sua entrada seja uma sequência codificante no quadro correto — por exemplo, começando no códon de início.