Oligo-Tm-calculator
Bereken de smelttemperatuur van een DNA-oligo of PCR-primer. De hoofdwaarde gebruikt de nearest-neighbor-methode (SantaLucia 1998) met zoutcorrectie; de eenvoudige Wallace-regel en GC%-schatting worden ter vergelijking getoond.
Vul een DNA-sequentie in (alleen A, C, G, T) om de Tm te berekenen.
Hoe het werkt
De smelttemperatuur (Tm) is de temperatuur waarbij de helft van een DNA-duplex gedissocieerd is in enkele strengen. De nauwkeurigste schatting voor oligo's gebruikt nearest-neighbor-thermodynamica: elke aangrenzende basenparenstap draagt een bekende enthalpie (ΔH) en entropie (ΔS) bij, en de Tm volgt uit Tm = ΔH / (ΔS + R·ln(C_T/4)) met een correctie voor zoutconcentratie. Deze calculator gebruikt de uniforme SantaLucia-1998-parameters.
De concentratie monovalente kationen (Na⁺) en de oligostrengconcentratie beïnvloeden beide de Tm, dus vul de waarden voor jouw reactie in. Voor snelle controles werkt de Wallace-regel — 2 °C per A/T en 4 °C per G/C — voor korte oligo's, en een op GC% gebaseerde formule wordt getoond voor langere sequenties. De sequentie mag alleen A, C, G en T bevatten (U wordt gelezen als T).
Voorbeelden
- GTAAAACGACGGCCAGT (M13-forward-primer) smelt rond 50 °C bij 50 mM Na⁺.
- Wallace-regel: voor een 17-mer met 8 A/T en 9 G/C, Tm = 2×8 + 4×9 = 52 °C.
- Het verhogen van de zoutconcentratie of de oligoconcentratie verhoogt de Tm.
Veelgestelde vragen
- Welke methode is het nauwkeurigst?
- De nearest-neighbor-methode is het nauwkeurigst voor oligonucleotiden omdat deze rekening houdt met de identiteit van naburige basen, niet alleen het algehele GC-gehalte. Dit is hier de hoofdwaarde.
- Waarom zijn zout- en oligoconcentratie belangrijk?
- Kationen stabiliseren de DNA-duplex, waardoor de Tm stijgt, en een hogere strengconcentratie verschuift het evenwicht richting de duplex. Beide komen voor in de nearest-neighbor-vergelijking, dus het invullen van de waarden van jouw reactie geeft een realistische Tm.
- Wanneer volstaat de Wallace-regel?
- De Wallace-regel (2 °C per A/T, 4 °C per G/C) is een redelijke snelle schatting voor oligo's korter dan ongeveer 14 basen, maar negeert zout, concentratie en sequentiecontext, dus wijkt af voor langere primers.
- Werkt het met RNA of ambigue basen?
- Uracil wordt gelezen als thymine, maar de nearest-neighbor-parameters zijn voor DNA. Ambigue IUPAC-codes worden niet ondersteund — de sequentie moet A, C, G en T (of U) zijn.