RSCU-calculator
Bereken de Relative Synonymous Codon Usage (RSCU) van een coderende sequentie. RSCU meet hoe vaak een codon wordt gebruikt vergeleken met wat je zou verwachten als alle synonieme codons voor zijn aminozuur even vaak zouden worden gebruikt — waarden boven 1 worden begunstigd, onder 1 worden vermeden.
Plak hierboven een coderende sequentie om RSCU te berekenen.
Hoe het werkt
Relative Synonymous Codon Usage (RSCU) normaliseert codonaantallen zodat codonvoorkeur onafhankelijk van de aminozuursamenstelling kan worden vergeleken. Voor elk codon is RSCU het waargenomen aantal keren dat het voorkomt gedeeld door het verwachte aantal als elk synoniem codon voor dat aminozuur even vaak zou worden gebruikt. Het is gelijk aan het aantal keer het aantal synonieme codons, gedeeld door het totale aantal voor dat aminozuur.
Een RSCU van 1 betekent dat het codon exact zo vaak wordt gebruikt als verwacht. Waarden boven 1 markeren oververtegenwoordigde (voorkeurs)codons en waarden onder 1 markeren ondervertegenwoordigde; codons voor aminozuren met slechts één codon (Met, Trp) zijn altijd 1. Plak een coderende sequentie gelezen in frame 1 — oververtegenwoordigde codons worden gemarkeerd.
Voorbeelden
- Gelijk gebruik van twee synonieme codons geeft RSCU 1,0 voor elk.
- Als AAA drie keer wordt gebruikt en AAG één keer (beide Lysine), is RSCU 1,5 en 0,5.
- Methionine (ATG) en tryptofaan (TGG) hebben altijd RSCU 1 — ze hebben geen synoniemen.
Veelgestelde vragen
- Wat is RSCU?
- Relative Synonymous Codon Usage is de verhouding tussen de waargenomen frequentie van een codon en de verwachte frequentie bij gelijk synoniem gebruik. Het toont codonvoorkeur onafhankelijk van de aminozuursamenstelling.
- Hoe wordt RSCU berekend?
- RSCU = (waargenomen aantal × aantal synonieme codons voor het aminozuur) ÷ (totale aantal van alle codons voor dat aminozuur). Een waarde van 1 betekent geen voorkeur.
- Wat betekenen waarden boven of onder 1?
- Boven 1 betekent dat het codon meer wordt gebruikt dan verwacht (oververtegenwoordigd of begunstigd); onder 1 betekent dat het minder wordt gebruikt dan verwacht (ondervertegenwoordigd). Precies 1 betekent dat het overeenkomt met de onbevooroordeelde verwachting.
- Waarom zijn sommige codons altijd 1?
- Aminozuren gecodeerd door één enkel codon — methionine (ATG) en tryptofaan (TGG) — hebben geen synonieme alternatieven, dus hun RSCU is altijd 1.