Eiwitvertaling
Vertaal een coderende DNA- of RNA-sequentie naar eiwit met de standaard genetische code. Kies een leesframe en stop desgewenst bij het eerste stopcodon. FASTA-invoer wordt geaccepteerd en U wordt gelezen als T.
Plak hierboven een coderende sequentie om deze te vertalen.
Hoe het werkt
De genetische code leest een nucleotidesequentie drie basen tegelijk. Elk triplet, of codon, specificeert één aminozuur, en drie van de 64 codons signaleren het einde van de vertaling. Deze tool splitst je sequentie in codons vanaf het gekozen leesframe en zoekt elk codon op in de standaard genetische code (NCBI-tabel 1), waarbij aminozuren worden geschreven als éénletterafkortingen en stopcodons als een sterretje.
Omdat een sequentie op drie voorwaartse manieren gelezen kan worden afhankelijk van waar je begint, kies je het frame dat begint bij het echte startcodon (meestal ATG). Zet "stop bij eerste stopcodon" aan om alleen het open leesframe tot aan de terminator te vertalen. Uracil in RNA wordt behandeld als thymine, en FASTA-headers, spaties en cijfers worden genegeerd.
Voorbeelden
- ATGGCC → M A (Met-Ala).
- ATG TTT TAA → M F * (een kort open leesframe eindigend op een stop).
- Verschuiven naar frame +2 van AATGGCC leest ATG GCC → M A.
Veelgestelde vragen
- Wat is een leesframe?
- Een leesframe is waar je begint met het groeperen van basen in tripletten. Een sequentie heeft drie mogelijke voorwaartse frames (beginnend op positie 1, 2 of 3), en het juiste begint bij het startcodon.
- Welke genetische code wordt gebruikt?
- De standaard genetische code (NCBI-vertaaltabel 1), die van toepassing is op de meeste kerngenen. De codes van organellen en enkele organisme-specifieke codes verschillen voor een paar codons.
- Wat betekent het sterretje?
- Een sterretje markeert een stopcodon (TAA, TAG of TGA), dat de vertaling beëindigt. Schakel "stop bij eerste stopcodon" in om het eiwit daar te laten eindigen.
- Vertaalt het RNA?
- Ja. Uracil (U) wordt gelezen als thymine (T), zodat een mRNA-sequentie naar hetzelfde eiwit vertaalt als het bijbehorende DNA.