Phred-kwaliteitsscoreconverter
Zet een Phred-kwaliteitsscore om naar de foutkans bij basecalling en de nauwkeurigheid, en bekijk de Phred+33- en Phred+64-ASCII-tekens die in FASTQ-bestanden worden gebruikt. Je kunt ook een foutkans omzetten naar een Q-score.
- Foutkans
- 1.00e-2
- Phred+33-teken
- 5
- Phred+64-teken
- T
Vul een foutkans tussen 0 en 1 in om de Q-score te krijgen.
Hoe het werkt
Een Phred-kwaliteitsscore Q codeert de kans P dat een basecall fout is, op een logaritmische schaal: P = 10^(−Q/10), dus Q = −10 × log10(P). Een hogere score betekent een betrouwbaardere call — Q20 is een foutkans van 1 op 100 (99% nauwkeurigheid), Q30 is 1 op 1000 (99,9%), en Q40 is 1 op 10000 (99,99%).
In FASTQ-bestanden wordt de score opgeslagen als één ASCII-teken. Sanger en moderne Illumina gebruiken Phred+33 (tel 33 op bij Q en neem dat teken), terwijl oudere Illumina-pipelines Phred+64 gebruikten. Vul een Q-score in om de kans, nauwkeurigheid en beide tekens te zien, of vul een foutkans in om de equivalente Q te krijgen.
Voorbeelden
- Q20 → foutkans 1e-2 → 99% nauwkeurigheid → Phred+33-teken '5'.
- Q30 → 1e-3 → 99,9% nauwkeurigheid → Phred+33-teken '?'.
- Q40 → 1e-4 → 99,99% nauwkeurigheid → Phred+33-teken 'I'.
Veelgestelde vragen
- Wat is een Phred-kwaliteitsscore?
- Het is een maat voor de betrouwbaarheid van een basecall bij DNA-sequencing, gedefinieerd als Q = −10 × log10(P) waarbij P de kans is dat de call fout is.
- Wat is het verschil tussen Phred+33 en Phred+64?
- Het zijn twee ASCII-coderingen van de score in FASTQ-bestanden. Phred+33 (Sanger, Illumina 1.8+) telt 33 op bij Q; Phred+64 (oudere Illumina) telt 64 op. De juiste offset is nodig om kwaliteiten te decoderen.
- Welke nauwkeurigheid betekent Q30?
- Q30 komt overeen met een foutkans van 0,001, oftewel 99,9% nauwkeurigheid bij basecalling — één foute base op duizend. Het is een veelgebruikte kwaliteitsdrempel voor sequencing reads.
- Hoe zet ik kans om naar Q?
- Gebruik Q = −10 × log10(P). Vul de foutkans in het tweede veld in en de calculator geeft de Q-score.