IUPAC-naar-regexconverter
Zet een degeneratief nucleotidemotief geschreven met IUPAC-ambiguïteitscodes om naar een reguliere expressie. Plak het resultaat in elke regex-geschikte tool om een DNA-sequentie te doorzoeken op het motief.
Vul een IUPAC-nucleotidemotief in om de regex te krijgen.
Hoe het werkt
IUPAC-ambiguïteitscodes laten één letter staan voor meerdere mogelijke basen: N is elke base, R is A of G, Y is C of T, W is A of T, S is G of C, enzovoort. Om een sequentie te doorzoeken op een degeneratief motief wordt elke code uitgebreid naar een tekenklasse in de reguliere expressie — bijvoorbeeld N wordt [ACGT] en R wordt [AG] — terwijl ondubbelzinnige basen zichzelf blijven.
Vul een motief in en de converter bouwt de equivalente reguliere expressie. Plak deze in een programmeertaal, een teksteditor of de regexzoekfunctie van een genoombrowser om elke match van het motief te vinden, inclusief alle ambigue mogelijkheden.
Voorbeelden
- GGNCC → GG[ACGT]CC (komt overeen met GGACC, GGCCC, GGGCC, GGTCC).
- GAATTC → GAATTC (de EcoRI-site, geen ambiguïteit).
- WS → [AT][GC].
Veelgestelde vragen
- Wat zijn IUPAC-ambiguïteitscodes?
- Het zijn eenlettercodes die een reeks nucleotiden vertegenwoordigen, zoals R voor purines (A/G), Y voor pyrimidines (C/T) en N voor elke base. Ze worden gebruikt om degeneratieve primers en motieven te beschrijven.
- Hoe wordt de regex opgebouwd?
- Elke code wordt vervangen door een tekenklasse van de basen die hij vertegenwoordigt — N wordt [ACGT], R wordt [AG] — en gewone basen blijven ongewijzigd, wat een patroon oplevert dat elke mogelijke sequentie van het motief matcht.
- Waar kan ik de regex gebruiken?
- Overal waar reguliere expressies worden ondersteund: een programmeertaal, de zoekfunctie van een code-editor, opdrachtregeltools zoals grep, of een sequentiezoekvak dat regex accepteert.
- Is het hoofdlettergevoelig?
- De converter zet het motief om in hoofdletters, dus het resulterende patroon matcht sequenties in hoofdletters. Voeg een hoofdletterongevoelige vlag toe in je regex-engine als je ook kleine letters wilt matchen.