GC-skewplotter
Plot de GC-skew, (G−C)/(G+C), langs een DNA-sequentie in vensters, samen met de cumulatieve skew. Verschuivingen in cumulatieve GC-skew markeren vaak de replicatie-oorsprong en -terminus van bacteriële genomen.
Plak hierboven een DNA-sequentie om de GC-skew te plotten.
Hoe het werkt
GC-skew meet de lokale onbalans tussen guanine en cytosine op één streng: (G − C) ÷ (G + C). Dit wordt hier berekend in niet-overlappende vensters langs de sequentie, en de cumulatieve skew — het lopende totaal van de waarden per venster — wordt ernaast geplot.
GC-skew is biologisch informatief omdat de leidende en achterblijvende strengen van een replicerend genoom verschillende mutatievoorkeuren opbouwen. In veel bacteriële chromosomen bereikt de cumulatieve GC-skew een minimum bij de replicatie-oorsprong en een maximum bij de terminus, dus de keerpunten van de cumulatieve curve helpen deze kenmerken te lokaliseren. Kies een venstergrootte die past bij je sequentielengte; FASTA-headers en niet-letters worden genegeerd.
Voorbeelden
- Een GC-rijk (G-zwaar) venster geeft een positieve skew; een C-zwaar venster geeft een negatieve skew.
- Het minimum van de cumulatieve curve markeert vaak de replicatie-oorsprong bij bacteriën.
- Een evenwichtig GGCC-venster heeft een skew van 0.
Veelgestelde vragen
- Wat is GC-skew?
- GC-skew is (G − C) ÷ (G + C) gemeten over een venster van de sequentie. Het geeft de strengasymmetrie tussen guanine- en cytosinegehalte weer.
- Waarom cumulatieve skew plotten?
- De cumulatieve som vlakt lokale ruis af en onthult grootschalige trends. De keerpunten ervan vallen vaak samen met de replicatie-oorsprong en -terminus in bacteriële genomen.
- Welke venstergrootte moet ik gebruiken?
- Dit hangt af van de sequentielengte — een paar honderd tot een paar duizend basen voor hele genomen, kleiner voor korte sequenties. De tool beperkt het venster tot de sequentielengte indien nodig.
- Accepteert het FASTA?
- Ja. FASTA-headers, witruimte en cijfers worden automatisch verwijderd voordat de skew wordt berekend.