GC-gehaltecalculator
Plak een DNA- of RNA-sequentie om het GC-gehalte, AT-gehalte en de basensamenstelling te krijgen. FASTA-headers, spaties en cijfers worden genegeerd, en U wordt geteld als T.
Plak hierboven een sequentie om het GC-gehalte te zien.
Hoe het werkt
Het GC-gehalte is het aandeel basen in een nucleïnezuur dat guanine (G) of cytosine (C) is, uitgedrukt als percentage: GC% = (G + C) ÷ (A + T + G + C) × 100. Omdat G-C-basenparen door drie waterstofbruggen bij elkaar worden gehouden in plaats van twee, hangt het GC-gehalte samen met de smelttemperatuur en stabiliteit van de sequentie.
Plak een sequentie en de calculator geeft het GC-percentage, het complementaire AT-percentage, de lengte en het aantal van elke base. FASTA-headers, regeleinden, spaties en cijfers worden automatisch verwijderd, en uracil (U) in RNA wordt samen met thymine (T) geteld.
Voorbeelden
- GGCC → GC-gehalte 100%.
- ATGC → GC-gehalte 50%, AT-gehalte 50%.
- Een regio met 60% GC smelt bij een hogere temperatuur dan een regio met 40% GC van dezelfde lengte.
Veelgestelde vragen
- Wat is GC-gehalte?
- GC-gehalte is het percentage van een sequentie dat bestaat uit guanine en cytosine. Het wordt berekend als (G + C) gedeeld door het totale aantal basen, maal 100.
- Waarom is GC-gehalte belangrijk?
- G-C-paren hebben drie waterstofbruggen tegenover twee voor A-T, dus een hoger GC-gehalte verhoogt de smelttemperatuur en stabiliteit van DNA. Het beïnvloedt ook het ontwerp van PCR-primers en weerspiegelt genoomkenmerken.
- Werkt het voor RNA?
- Ja. Uracil (U) wordt geteld als thymine (T), zodat RNA-sequenties het verwachte GC-gehalte geven.
- Welke invoer kan ik plakken?
- Gewone sequentie of FASTA. Regels die beginnen met > worden genegeerd en witruimte en cijfers worden verwijderd, zodat rechtstreeks plakken vanuit een FASTA-bestand werkt.