Codongebruikcalculator
Plak een coderende sequentie om te berekenen hoe vaak elk codon wordt gebruikt — totale aantallen, frequentie per 1000 codons, en de fractie die elk codon vormt tussen de synonieme codons voor zijn aminozuur. De sequentie wordt gelezen in frame 1; U wordt behandeld als T.
Plak hierboven een coderende sequentie om het codongebruik te zien.
Hoe het werkt
Codongebruik beschrijft hoe vaak elk van de 61 zin-codons (en de 3 stopcodons) wordt gebruikt om een eiwit te coderen. Omdat de meeste aminozuren door meer dan één codon worden gespecificeerd, geven organismen en sterk tot expressie gebrachte genen vaak de voorkeur aan bepaalde synonieme codons — een voorkeur die belangrijk is voor genexpressie en voor het optimaliseren van synthetische genen.
Deze calculator leest je sequentie in frame 1, drie basen tegelijk, en telt elk codon. Voor elk codon rapporteert het het ruwe aantal, de frequentie per 1000 codons, en de fractie die het vertegenwoordigt tussen de synonieme codons voor hetzelfde aminozuur. Plak een enkele coderende sequentie; FASTA-headers, spaties en cijfers worden genegeerd en U wordt gelezen als T.
Voorbeelden
- Een sequentie van herhaalde ATG toont ATG (Met) met een fractie van 1,00.
- Frequentie per 1000 laat je codongebruik vergelijken tussen sequenties van verschillende lengte.
- De fractiekolom toont de voorkeur voor synonieme codons binnen elk aminozuur.
Veelgestelde vragen
- Wat is codongebruiksvoorkeur?
- Het is het ongelijke gebruik van synonieme codons — codons die hetzelfde aminozuur coderen. Genomen en sterk tot expressie gebrachte genen geven vaak de voorkeur aan bepaalde codons die overeenkomen met overvloedige tRNA's.
- Wat betekent frequentie per 1000?
- Het normaliseert het ruwe aantal naar een percentage per 1000 codons, zodat je het codongebruik tussen sequenties van verschillende lengte kunt vergelijken.
- Wat is de fractiekolom?
- Het is het aandeel van een codon tussen alle synonieme codons voor zijn aminozuur. Als leucine 10 keer wordt gecodeerd en CTG daarvan 4 keer, is de fractie van CTG 0,40.
- Welk leesframe wordt gebruikt?
- De sequentie wordt gelezen in frame 1, beginnend bij de eerste base. Zorg dat je invoer een coderende sequentie in frame is — bijvoorbeeld beginnend bij het startcodon.