オリゴTm計算ツール
DNAオリゴまたはPCRプライマーの融解温度を計算します。主な値は最近接塩基対法 (SantaLucia 1998) と塩濃度補正を使用し、比較のために基本的なWallace法とGC%推定値も表示されます。
DNA配列（A, C, G, Tのみ）を入力するとTmが計算されます。
使い方
融解温度 (Tm) とは、DNA二本鎖の半分が単鎖に解離する温度のことです。オリゴにとって最も正確な推定は最近接塩基対法による熱力学計算です: 隣接する各塩基対のステップは既知のエンタルピー (ΔH) とエントロピー (ΔS) を寄与し、Tmは Tm = ΔH / (ΔS + R·ln(C_T/4)) から求められ、塩濃度の補正が加わります。この計算ツールは統一されたSantaLucia 1998のパラメータを使用しています。
一価陽イオン濃度 (Na⁺) とオリゴ鎖濃度の両方がTmに影響するため、反応の値を入力してください。簡易チェック用に、Wallace法（A/Tあたり2℃、G/Cあたり4℃）は短いオリゴに有効で、長い配列にはGC%ベースの式が表示されます。配列にはA、C、G、Tのみを含める必要があります（UはTとして読み取られます）。
使用例
- GTAAAACGACGGCCAGT（M13フォワードプライマー）は、Na⁺ 50 mMで約50℃で融解します。
- Wallace法: A/T 8個、G/C 9個の17merの場合、Tm = 2×8 + 4×9 = 52℃。
- 塩濃度またはオリゴ濃度を上げるとTmが上昇します。
よくある質問
- 最も正確な方法はどれですか？
- 最近接塩基対法は、全体のGC含量だけでなく隣接塩基の同一性も考慮するため、オリゴヌクレオチドにとって最も正確です。ここでは主な値として使用されています。
- 塩濃度とオリゴ濃度が重要なのはなぜですか？
- 陽イオンはDNA二本鎖を安定化させTmを上げ、鎖濃度が高いほど平衡が二本鎖側に傾きます。どちらも最近接塩基対法の式に含まれているため、反応の値を入力すると現実的なTmが得られます。
- Wallace法で十分な場合はいつですか？
- Wallace法（A/Tあたり2℃、G/Cあたり4℃）は、約14塩基未満のオリゴには妥当な簡易推定になりますが、塩濃度、濃度、配列の文脈を無視しているため、長いプライマーでは誤差が大きくなります。
- RNAやあいまいな塩基には対応していますか？
- ウラシルはチミンとして読み取られますが、最近接塩基対法のパラメータはDNA用です。あいまいなIUPACコードには対応していません — 配列はA、C、G、T（またはU）である必要があります。