RSCU計算ツール
コード配列の相対同義コドン使用頻度 (RSCU) を計算します。RSCUは、そのアミノ酸のすべての同義コドンが均等に使われた場合と比較して、あるコドンがどれだけ頻繁に使われているかを測定します — 1を超える値は好まれ、1未満は避けられていることを示します。
上にコード配列を貼り付けるとRSCUが計算されます。
使い方
相対同義コドン使用頻度 (RSCU) は、コドンの選好性をアミノ酸組成とは独立に比較できるよう、コドンのカウント数を正規化します。各コドンについて、RSCUは実際の出現回数を、そのアミノ酸のすべての同義コドンが均等に使われた場合に期待される回数で割ったものです。これは、カウント数に同義コドンの数を掛け、そのアミノ酸の総カウント数で割った値に等しくなります。
RSCUが1であれば、そのコドンは期待どおりの頻度で使われていることを意味します。1を超える値は過剰使用（優先的に使用される）コドンを示し、1未満は過小使用を示します。コドンが1つしかないアミノ酸（Met、Trp）のRSCUは常に1です。読み枠1で読み取られたコード配列を貼り付けてください — 過剰使用されているコドンはハイライトされます。
使用例
- 2つの同義コドンが均等に使われる場合、それぞれのRSCUは1.0になります。
- AAAが3回、AAGが1回（どちらもリシン）使われる場合、RSCUはそれぞれ1.5と0.5になります。
- メチオニン (ATG) とトリプトファン (TGG) のRSCUは常に1です — 同義コドンが存在しないためです。
よくある質問
- RSCUとは何ですか？
- 相対同義コドン使用頻度とは、あるコドンの実際の頻度と、同義コドンが均等に使われた場合の期待頻度との比率です。アミノ酸組成とは独立にコドンの選好性を明らかにします。
- RSCUはどう計算されますか？
- RSCU = (実際のカウント数 × そのアミノ酸の同義コドン数) ÷ (そのアミノ酸のすべてのコドンの総カウント数)。値が1であれば偏りがないことを意味します。
- 1を超える値や1未満の値は何を意味しますか？
- 1を超えると、そのコドンは期待より多く使われている（過剰使用または優先されている）ことを意味します。1未満は、期待より少なく使われている（過小使用）ことを意味します。ちょうど1であれば、偏りのない期待値と一致します。
- 常に1になるコドンがあるのはなぜですか？
- 単一のコドンでコードされるアミノ酸 — メチオニン (ATG) とトリプトファン (TGG) — には同義の代替がないため、RSCUは常に1です。