タンパク質翻訳
標準遺伝暗号を使ってDNAまたはRNAコード配列をタンパク質に翻訳します。読み枠を選択し、必要であれば最初の終止コドンで停止できます。FASTA入力に対応し、Uはtとして読み取られます。
読み枠:
上にコード配列を貼り付けると翻訳されます。
使い方
遺伝暗号は、ヌクレオチド配列を3塩基ずつ読み取ります。各三つ組（コドン）は1つのアミノ酸を指定し、64のコドンのうち3つは翻訳の終了を示します。このツールは、選択した読み枠から配列をコドンに分割し、それぞれを標準遺伝暗号（NCBIテーブル1）で照合し、アミノ酸を1文字コードで、終止コドンをアスタリスクで表記します。
配列は開始位置によって3つの正方向の読み枠で読むことができるため、実際の開始コドン（通常はATG）から始まる読み枠を選んでください。「最初の終止コドンで停止」をオンにすると、終止コドンまでのオープンリーディングフレームのみを翻訳します。RNA中のウラシルはチミンとして扱われ、FASTAヘッダー、スペース、数字は無視されます。
使用例
- ATGGCC → M A（Met-Ala）。
- ATG TTT TAA → M F *（終止コドンで終わる短いオープンリーディングフレーム）。
- AATGGCCの読み枠+2にシフトすると ATG GCC → M A。
よくある質問
- 読み枠とは何ですか？
- 塩基を三つ組にグループ化し始める位置のことです。配列には3つの可能な正方向の読み枠（位置1、2、3から開始）があり、正しい読み枠は開始コドンから始まります。
- どの遺伝暗号が使われますか？
- 標準遺伝暗号（NCBI翻訳テーブル1）で、ほとんどの核遺伝子に適用されます。オルガネラや一部の生物特有のコードは、いくつかのコドンで異なります。
- アスタリスクは何を意味しますか？
- アスタリスクは終止コドン (TAA、TAG、TGA) を示し、翻訳を終了させます。「最初の終止コドンで停止」を有効にすると、そこでタンパク質を終了させます。
- RNAも翻訳できますか？
- はい。ウラシル (U) はチミン (T) として読み取られるため、mRNA配列はそのDNAと同じタンパク質に翻訳されます。