Phred品質スコア変換ツール
Phred品質スコアを塩基コールのエラー確率と精度に変換し、FASTQファイルで使われるPhred+33およびPhred+64のASCII文字を確認できます。エラー確率をQスコアに逆変換することもできます。
塩基コール精度99%
- エラー確率
- 1.00e-2
- Phred+33文字
- 5
- Phred+64文字
- T
0から1の間のエラー確率を入力するとQスコアが得られます。
使い方
Phred品質スコアQは、塩基コールが誤っている確率Pを対数スケールで表します: P = 10^(−Q/10)、つまりQ = −10 × log10(P)。スコアが高いほど信頼性の高いコールを意味します — Q20はエラー率100分の1（精度99%）、Q30は1000分の1（99.9%）、Q40は10000分の1（99.99%）です。
FASTQファイルでは、このスコアは1文字のASCII文字として保存されます。SangerおよびモダンなIlluminaはPhred+33（Qに33を加えてその文字を取る）を使用し、古いIlluminaのパイプラインはPhred+64を使用していました。Qスコアを入力すると確率、精度、両方の文字が表示され、エラー確率を入力すると対応するQが得られます。
使用例
- Q20 → エラー確率1e-2 → 精度99% → Phred+33文字 '5'。
- Q30 → 1e-3 → 精度99.9% → Phred+33文字 '?'。
- Q40 → 1e-4 → 精度99.99% → Phred+33文字 'I'。
よくある質問
- Phred品質スコアとは何ですか？
- DNAシーケンシングにおける塩基コールの信頼度の指標で、Q = −10 × log10(P)（Pはコールが誤っている確率）と定義されます。
- Phred+33とPhred+64の違いは何ですか？
- どちらもFASTQファイルにおけるスコアの2つのASCIIエンコーディングです。Phred+33（Sanger、Illumina 1.8以降）はQに33を加え、Phred+64（古いIllumina）は64を加えます。品質を正しくデコードするには正しいオフセットが必要です。
- Q30はどのような精度を意味しますか？
- Q30はエラー確率0.001、つまり塩基コール精度99.9%に相当します — 1000塩基あたり1つの誤り。シーケンシングリードの一般的な品質基準です。
- 確率をQに変換するには？
- Q = −10 × log10(P) を使います。エラー確率を2番目のフィールドに入力すると、計算ツールがQスコアを返します。