IUPAC→正規表現変換ツール
IUPAC縮重コードで書かれた縮重ヌクレオチドモチーフを正規表現に変換します。結果を正規表現に対応したツールに貼り付けて、DNA配列中のモチーフを検索できます。
IUPACヌクレオチドモチーフを入力すると正規表現が得られます。
使い方
IUPAC縮重コードは、1文字で複数の塩基の可能性を表すことができます: Nは任意の塩基、RはAまたはG、YはCまたはT、WはAまたはT、SはGまたはC、というように続きます。縮重モチーフを配列から検索するには、各コードを正規表現の文字クラスに展開します — 例えばNは[ACGT]に、Rは[AG]になります — 一方、あいまいでない塩基はそのまま残ります。
モチーフを入力すると、変換ツールが対応する正規表現を作成します。それをプログラミング言語、テキストエディタ、ゲノムブラウザの正規表現検索に貼り付けると、あいまいな可能性をすべて含めてモチーフの一致箇所を見つけることができます。
使用例
- GGNCC → GG[ACGT]CC（GGACC、GGCCC、GGGCC、GGTCCにマッチ）。
- GAATTC → GAATTC（EcoRIサイト、あいまいさなし）。
- WS → [AT][GC]。
よくある質問
- IUPAC縮重コードとは何ですか？
- ヌクレオチドの集合を表す1文字のコードで、例えばRはプリン (A/G)、Yはピリミジン (C/T)、Nは任意の塩基を表します。縮重プライマーやモチーフの記述に使われます。
- 正規表現はどのように構築されますか？
- 各コードは、それが表す塩基の文字クラスに置き換えられます — Nは[ACGT]に、Rは[AG]になります — 通常の塩基はそのまま残り、モチーフのすべての可能な配列に一致するパターンが生成されます。
- 正規表現はどこで使えますか？
- 正規表現に対応している場所ならどこでも使えます: プログラミング言語、コードエディタの検索、grepなどのコマンドラインツール、正規表現に対応した配列検索ボックスなどです。
- 大文字・小文字は区別されますか？
- 変換ツールはモチーフを大文字に変換するため、生成されるパターンは大文字の配列に一致します。小文字の塩基にもマッチさせたい場合は、正規表現エンジンで大文字小文字を区別しないフラグを追加してください。