GCスキュープロッター
DNA配列に沿ったGCスキュー (G−C)/(G+C) を窓ごとにプロットし、累積スキューとともに表示します。累積GCスキューの変化は、細菌ゲノムの複製起点と終結点をよく示します。
上にDNA配列を貼り付けるとGCスキューがプロットされます。
使い方
GCスキューは、片方の鎖におけるグアニンとシトシンの局所的な不均衡を測定します: (G − C) ÷ (G + C)。ここでは配列に沿った非重複の窓ごとに計算され、累積スキュー（窓ごとの値の累積合計）も併せてプロットされます。
複製中のゲノムのリーディング鎖とラギング鎖では異なる変異バイアスが蓄積するため、GCスキューは生物学的に有益な情報です。多くの細菌染色体では、累積GCスキューは複製起点で最小値、終結点で最大値に達するため、累積曲線の変曲点がこれらの特徴の特定に役立ちます。配列の長さに適した窓サイズを選んでください。FASTAヘッダーと文字以外の記号は無視されます。
使用例
- GCに富む（G優位の）窓は正のスキューを示し、C優位の窓は負のスキューを示します。
- 累積曲線の最小値は、多くの場合細菌の複製起点を示します。
- バランスの取れたGGCC窓のスキューは0です。
よくある質問
- GCスキューとは何ですか？
- 配列の窓ごとに測定される (G − C) ÷ (G + C) です。グアニンとシトシン含量の鎖間の非対称性を捉えます。
- 累積スキューをプロットする理由は？
- 累積和は局所的なノイズを平滑化し、大規模な傾向を明らかにします。その変曲点は、細菌ゲノムの複製起点や終結点としばしば一致します。
- どの窓サイズを使うべきですか？
- 配列の長さによります — ゲノム全体では数百から数千塩基、短い配列ではより小さくします。必要に応じて、ツールは窓サイズを配列長にクランプします。
- FASTAに対応していますか？
- はい。スキューを計算する前に、FASTAヘッダー、空白、数字が自動的に除去されます。