GC含量計算ツール
DNAまたはRNA配列を貼り付けると、GC含量、AT含量、塩基組成が得られます。FASTAヘッダー、スペース、数字は無視され、UはTとしてカウントされます。
上に配列を貼り付けるとGC含量が表示されます。
使い方
GC含量とは、核酸中の塩基のうちグアニン (G) またはシトシン (C) である割合をパーセントで表したものです: GC% = (G + C) ÷ (A + T + G + C) × 100。G-C塩基対は2つではなく3つの水素結合で結ばれているため、GC含量は配列の融解温度や安定性と相関します。
配列を貼り付けると、計算ツールはGCパーセント、相補的なATパーセント、長さ、各塩基の数を報告します。FASTAヘッダー、改行、スペース、数字は自動的に除去され、RNA中のウラシル (U) はチミン (T) とまとめてカウントされます。
使用例
- GGCC → GC含量100%。
- ATGC → GC含量50%、AT含量50%。
- GC60%の領域は、同じ長さのGC40%の領域よりも高い温度で融解します。
よくある質問
- GC含量とは何ですか？
- GC含量は、配列中でグアニンとシトシンが占める割合です。(G + C) を塩基の総数で割り、100を掛けて計算されます。
- GC含量が重要なのはなぜですか？
- G-C対はA-Tの2つに対して3つの水素結合を持つため、GC含量が高いほどDNAの融解温度と安定性が上がります。また、PCRプライマー設計にも影響し、ゲノムの特徴を反映します。
- RNAにも使えますか？
- はい。ウラシル (U) はチミン (T) としてカウントされるため、RNA配列でも期待どおりのGC含量が得られます。
- どんな入力を貼り付けられますか？
- 通常の配列またはFASTA形式です。>で始まる行は無視され、空白と数字は除去されるため、FASTAファイルから直接貼り付けても動作します。