コドン使用頻度計算ツール
コード配列を貼り付けると、各コドンの使用頻度を表にまとめます — 総カウント数、1000コドンあたりの頻度、そのアミノ酸の同義コドンの中でそのコドンが占める割合です。配列は読み枠1で読み取られ、UはTとして扱われます。
上にコード配列を貼り付けるとコドン使用頻度が表示されます。
使い方
コドン使用頻度は、61個のセンスコドン（および3個の終止コドン）それぞれがタンパク質のコードにどれだけ使われるかを表します。ほとんどのアミノ酸は複数のコドンで指定されるため、生物種や高発現遺伝子は特定の同義コドンを好む傾向があります — この偏りは遺伝子発現や合成遺伝子の最適化にとって重要です。
この計算ツールは配列を読み枠1で3塩基ずつ読み取り、各コドンをカウントします。各コドンについて、生のカウント数、1000コドンあたりの頻度、同じアミノ酸の同義コドンの中で占める割合を報告します。単一のコード配列を貼り付けてください。FASTAヘッダー、スペース、数字は無視され、UはTとして読み取られます。
使用例
- ATGの繰り返し配列では、ATG（Met）の割合が1.00になります。
- 1000あたりの頻度を使うと、異なる長さの配列間でコドン使用を比較できます。
- 割合の列は、各アミノ酸内の同義コドンの選好性を明らかにします。
よくある質問
- コドン使用頻度の偏りとは何ですか？
- 同じアミノ酸をコードする同義コドンの不均等な使用のことです。ゲノムや高発現遺伝子は、豊富なtRNAに対応した特定のコドンを好むことが多くあります。
- 1000あたりの頻度とは何を意味しますか？
- 生のカウント数を1000コドンあたりの率に正規化したもので、異なる長さの配列間でコドン使用を比較できます。
- 割合の列とは何ですか？
- そのアミノ酸のすべての同義コドンの中で、あるコドンが占める割合です。ロイシンが10回コードされ、そのうちCTGが4回であれば、CTGの割合は0.40です。
- どの読み枠が使われますか？
- 配列は最初の塩基から読み枠1で読み取られます。入力が開始コドンから始まるなど、読み枠に合ったコード配列であることを確認してください。