Calcolatore RSCU
Calcola l'uso relativo dei codoni sinonimi (RSCU) di una sequenza codificante. L'RSCU misura quanto spesso un codone viene usato rispetto a quanto ci si aspetterebbe se tutti i codoni sinonimi del suo amminoacido fossero usati in modo uguale — valori sopra 1 sono favoriti, sotto 1 sono evitati.
Incolla una sequenza codificante sopra per calcolare l'RSCU.
Come funziona
L'uso relativo dei codoni sinonimi (RSCU) normalizza i conteggi dei codoni in modo che la preferenza dei codoni possa essere confrontata indipendentemente dalla composizione amminoacidica. Per ciascun codone, l'RSCU è il numero osservato di occorrenze diviso per il numero atteso se ogni codone sinonimo per quell'amminoacido fosse usato in modo uguale. Equivale al conteggio moltiplicato per il numero di codoni sinonimi, diviso per il conteggio totale di quell'amminoacido.
Un RSCU di 1 significa che il codone viene usato esattamente quanto atteso. Valori sopra 1 indicano codoni sovra-rappresentati (preferiti) e valori sotto 1 indicano codoni sotto-rappresentati; i codoni per amminoacidi con un solo codone (Met, Trp) sono sempre 1. Incolla una sequenza codificante letta nella fase 1 — i codoni sovra-rappresentati vengono evidenziati.
Esempi
- L'uso uguale di due codoni sinonimi dà RSCU 1,0 per ciascuno.
- Se AAA viene usato tre volte e AAG una volta (entrambi lisina), l'RSCU è 1,5 e 0,5.
- Metionina (ATG) e triptofano (TGG) hanno sempre RSCU 1 — non hanno sinonimi.
Domande frequenti
- Cos'è l'RSCU?
- L'uso relativo dei codoni sinonimi è il rapporto tra la frequenza osservata di un codone e la sua frequenza attesa con un uso sinonimo uguale. Rivela la preferenza dei codoni indipendentemente dal contenuto amminoacidico.
- Come si calcola l'RSCU?
- RSCU = (conteggio osservato × numero di codoni sinonimi per l'amminoacido) ÷ (conteggio totale di tutti i codoni per quell'amminoacido). Un valore di 1 significa nessun bias.
- Cosa significano valori sopra o sotto 1?
- Sopra 1 significa che il codone è usato più del previsto (sovra-rappresentato o preferito); sotto 1 significa che è usato meno del previsto (sotto-rappresentato). Esattamente 1 significa che corrisponde all'aspettativa senza bias.
- Perché alcuni codoni sono sempre 1?
- Gli amminoacidi codificati da un solo codone — metionina (ATG) e triptofano (TGG) — non hanno alternative sinonime, quindi il loro RSCU è sempre 1.