Convertitore del punteggio di qualità Phred
Converti un punteggio di qualità Phred nella sua probabilità di errore di base-calling e accuratezza, e visualizza i caratteri ASCII Phred+33 e Phred+64 usati nei file FASTQ. Puoi anche convertire una probabilità di errore in un punteggio Q.
- Probabilità di errore
- 1.00e-2
- Carattere Phred+33
- 5
- Carattere Phred+64
- T
Inserisci una probabilità di errore tra 0 e 1 per ottenere il punteggio Q.
Come funziona
Un punteggio di qualità Phred Q codifica la probabilità P che una base chiamata sia errata, su una scala logaritmica: P = 10^(−Q/10), quindi Q = −10 × log10(P). Un punteggio più alto indica una chiamata più affidabile — Q20 è un tasso di errore di 1 su 100 (99% di accuratezza), Q30 è 1 su 1000 (99,9%), e Q40 è 1 su 10000 (99,99%).
Nei file FASTQ il punteggio è memorizzato come un singolo carattere ASCII. Sanger e i moderni sistemi Illumina usano Phred+33 (aggiungi 33 a Q e prendi quel carattere), mentre le pipeline Illumina più vecchie usavano Phred+64. Inserisci un punteggio Q per vedere la sua probabilità, accuratezza ed entrambi i caratteri, oppure inserisci una probabilità di errore per ottenere il Q equivalente.
Esempi
- Q20 → probabilità di errore 1e-2 → 99% di accuratezza → carattere Phred+33 '5'.
- Q30 → 1e-3 → 99,9% di accuratezza → carattere Phred+33 '?'.
- Q40 → 1e-4 → 99,99% di accuratezza → carattere Phred+33 'I'.
Domande frequenti
- Cos'è un punteggio di qualità Phred?
- È una misura della fiducia di una chiamata di base nel sequenziamento del DNA, definita come Q = −10 × log10(P) dove P è la probabilità che la chiamata sia errata.
- Qual è la differenza tra Phred+33 e Phred+64?
- Sono due codifiche ASCII del punteggio nei file FASTQ. Phred+33 (Sanger, Illumina 1.8+) aggiunge 33 a Q; Phred+64 (Illumina più vecchio) aggiunge 64. Serve l'offset corretto per decodificare le qualità.
- Cosa significa un'accuratezza Q30?
- Q30 corrisponde a una probabilità di errore di 0,001, ossia il 99,9% di accuratezza nel base-calling — una base errata ogni mille. È una soglia di qualità comune per le letture di sequenziamento.
- Come converto la probabilità in Q?
- Usa Q = −10 × log10(P). Inserisci la probabilità di errore nel secondo campo e il calcolatore restituisce il punteggio Q.