Convertitore da IUPAC a espressione regolare
Trasforma un motivo nucleotidico degenerato scritto con codici di ambiguità IUPAC in un'espressione regolare. Incolla il risultato in qualsiasi strumento compatibile con le espressioni regolari per cercare il motivo in una sequenza di DNA.
Inserisci un motivo nucleotidico IUPAC per ottenere la sua espressione regolare.
Come funziona
I codici di ambiguità IUPAC permettono a una singola lettera di rappresentare diverse basi possibili: N è qualsiasi base, R è A o G, Y è C o T, W è A o T, S è G o C, e così via. Per cercare un motivo degenerato in una sequenza, ogni codice viene espanso in una classe di caratteri dell'espressione regolare — per esempio N diventa [ACGT] e R diventa [AG] — mentre le basi non ambigue restano invariate.
Inserisci un motivo e il convertitore costruisce l'espressione regolare equivalente. Incollala in un linguaggio di programmazione, in un editor di testo, o nella ricerca con espressioni regolari di un browser genomico per trovare ogni corrispondenza del motivo, incluse tutte le possibilità ambigue.
Esempi
- GGNCC → GG[ACGT]CC (corrisponde a GGACC, GGCCC, GGGCC, GGTCC).
- GAATTC → GAATTC (il sito EcoRI, nessuna ambiguità).
- WS → [AT][GC].
Domande frequenti
- Cosa sono i codici di ambiguità IUPAC?
- Sono codici a una lettera che rappresentano un insieme di nucleotidi, come R per le purine (A/G), Y per le pirimidine (C/T) e N per qualsiasi base. Vengono usati per descrivere primer e motivi degenerati.
- Come viene costruita l'espressione regolare?
- Ogni codice viene sostituito da una classe di caratteri delle basi che rappresenta — N diventa [ACGT], R diventa [AG] — e le basi semplici restano invariate, producendo un pattern che corrisponde a ogni possibile sequenza del motivo.
- Dove posso usare l'espressione regolare?
- Ovunque siano supportate le espressioni regolari: un linguaggio di programmazione, la ricerca di un editor di codice, strumenti a riga di comando come grep, o un campo di ricerca di sequenze che accetta espressioni regolari.
- È sensibile alle maiuscole?
- Il convertitore trasforma il motivo in maiuscolo, quindi il pattern risultante corrisponde a sequenze maiuscole. Aggiungi un flag case-insensitive nel tuo motore di espressioni regolari se devi corrispondere anche basi minuscole.