Grafico dello skew GC
Traccia lo skew GC, (G−C)/(G+C), lungo una sequenza di DNA in finestre, insieme allo skew cumulativo. I cambiamenti nello skew GC cumulativo spesso segnano l'origine di replicazione e il terminus dei genomi batterici.
Incolla una sequenza di DNA sopra per tracciare il suo skew GC.
Come funziona
Lo skew GC misura lo squilibrio locale tra guanina e citosina su un filamento: (G − C) ÷ (G + C). Viene calcolato qui in finestre non sovrapposte lungo la sequenza, e lo skew cumulativo — il totale progressivo dei valori per finestra — viene tracciato accanto ad esso.
Lo skew GC è biologicamente informativo perché i filamenti leading e lagging di un genoma in replicazione accumulano bias mutazionali diversi. In molti cromosomi batterici lo skew GC cumulativo raggiunge un minimo all'origine di replicazione e un massimo al terminus, quindi i punti di svolta della curva cumulativa aiutano a localizzare queste caratteristiche. Scegli una dimensione della finestra appropriata alla lunghezza della tua sequenza; le intestazioni FASTA e i caratteri non alfabetici vengono ignorati.
Esempi
- Una finestra ricca di GC (con più G) dà uno skew positivo; una finestra ricca di C dà uno skew negativo.
- Il minimo della curva cumulativa spesso segna l'origine di replicazione nei batteri.
- Una finestra GGCC bilanciata ha uno skew di 0.
Domande frequenti
- Cos'è lo skew GC?
- Lo skew GC è (G − C) ÷ (G + C) misurato su una finestra di sequenza. Cattura l'asimmetria di filamento tra il contenuto di guanina e citosina.
- Perché tracciare lo skew cumulativo?
- La somma cumulativa attenua il rumore locale e rivela tendenze su larga scala. I suoi punti di svolta coincidono spesso con l'origine di replicazione e il terminus nei genomi batterici.
- Quale dimensione di finestra dovrei usare?
- Dipende dalla lunghezza della sequenza — da poche centinaia a poche migliaia di basi per genomi interi, più piccola per sequenze corte. Lo strumento limita la finestra alla lunghezza della sequenza se necessario.
- Accetta FASTA?
- Sì. Le intestazioni FASTA, gli spazi bianchi e i numeri vengono rimossi automaticamente prima di calcolare lo skew.