Calcolatore del contenuto GC
Incolla una sequenza di DNA o RNA per ottenere il suo contenuto GC, il contenuto AT e la composizione in basi. Le intestazioni FASTA, gli spazi e i numeri vengono ignorati, e U viene contata come T.
Incolla una sequenza sopra per vedere il suo contenuto GC.
Come funziona
Il contenuto GC è la frazione di basi in un acido nucleico che sono guanina (G) o citosina (C), espressa come percentuale: GC% = (G + C) ÷ (A + T + G + C) × 100. Poiché le coppie di basi G-C sono tenute insieme da tre legami idrogeno anziché due, il contenuto GC è correlato alla temperatura di fusione e alla stabilità della sequenza.
Incolla una sequenza e il calcolatore riporta la percentuale GC, la percentuale AT complementare, la lunghezza e il conteggio di ciascuna base. Le intestazioni FASTA, le interruzioni di riga, gli spazi e i numeri vengono rimossi automaticamente, e l'uracile (U) nell'RNA viene contato insieme alla timina (T).
Esempi
- GGCC → contenuto GC 100%.
- ATGC → contenuto GC 50%, contenuto AT 50%.
- Una regione con GC al 60% fonde a una temperatura più alta di una regione con GC al 40% della stessa lunghezza.
Domande frequenti
- Cos'è il contenuto GC?
- Il contenuto GC è la percentuale di una sequenza costituita da guanina e citosina. Si calcola come (G + C) diviso il numero totale di basi, moltiplicato per 100.
- Perché il contenuto GC è importante?
- Le coppie G-C hanno tre legami idrogeno contro i due delle coppie A-T, quindi un contenuto GC più alto aumenta la temperatura di fusione e la stabilità del DNA. Influisce anche sulla progettazione dei primer per PCR e riflette le caratteristiche del genoma.
- Funziona per l'RNA?
- Sì. L'uracile (U) viene contato come timina (T), quindi le sequenze di RNA danno il contenuto GC atteso.
- Che input posso incollare?
- Sequenza semplice o FASTA. Le righe che iniziano con > vengono ignorate e gli spazi bianchi e i numeri vengono rimossi, quindi incollare direttamente da un file FASTA funziona.