Calcolatore dell'uso dei codoni
Incolla una sequenza codificante per tabulare quanto spesso viene usato ciascun codone — conteggi totali, frequenza per 1000 codoni, e la frazione che ciascun codone rappresenta tra i codoni sinonimi del suo amminoacido. La sequenza viene letta nella fase 1; U viene trattata come T.
Incolla una sequenza codificante sopra per vedere il suo uso dei codoni.
Come funziona
L'uso dei codoni descrive quanto spesso ciascuno dei 61 codoni senso (e i 3 codoni di stop) viene usato per codificare una proteina. Poiché la maggior parte degli amminoacidi è specificata da più di un codone, gli organismi e i geni altamente espressi tendono a preferire particolari codoni sinonimi — un bias importante per l'espressione genica e per l'ottimizzazione di geni sintetici.
Questo calcolatore legge la tua sequenza nella fase 1, tre basi alla volta, e conta ciascun codone. Per ogni codone riporta il conteggio grezzo, la frequenza per 1000 codoni e la frazione che rappresenta tra i codoni sinonimi dello stesso amminoacido. Incolla una singola sequenza codificante; le intestazioni FASTA, gli spazi e i numeri vengono ignorati e U viene letta come T.
Esempi
- Una sequenza di ripetizioni ATG mostra ATG (Met) con una frazione di 1,00.
- La frequenza per 1000 permette di confrontare l'uso dei codoni tra sequenze di lunghezza diversa.
- La colonna della frazione rivela la preferenza dei codoni sinonimi all'interno di ciascun amminoacido.
Domande frequenti
- Cos'è il bias nell'uso dei codoni?
- È l'uso diseguale dei codoni sinonimi — codoni che codificano lo stesso amminoacido. I genomi e i geni altamente espressi spesso preferiscono particolari codoni che corrispondono a tRNA abbondanti.
- Cosa significa frequenza per 1000?
- Normalizza il conteggio grezzo a un tasso per 1000 codoni, così puoi confrontare l'uso dei codoni tra sequenze di lunghezza diversa.
- Cos'è la colonna della frazione?
- È la proporzione di un codone tra tutti i codoni sinonimi del suo amminoacido. Se la leucina è codificata 10 volte e CTG ne rappresenta 4, la frazione di CTG è 0,40.
- Quale fase di lettura viene usata?
- La sequenza viene letta nella fase 1, a partire dalla prima base. Assicurati che il tuo input sia una sequenza codificante in fase — per esempio a partire dal codone di inizio.