Calculateur de Tm d'oligo
Calculez la température de fusion d'un oligo d'ADN ou d'une amorce PCR. La valeur principale utilise la méthode des plus proches voisins (SantaLucia 1998) avec correction de sel ; la règle de Wallace de base et l'estimation par %GC sont affichées à titre de comparaison.
Entrez une séquence d'ADN (A, C, G, T uniquement) pour calculer sa Tm.
Comment ça marche
La température de fusion (Tm) est la température à laquelle la moitié d'un duplex d'ADN est dissociée en simples brins. L'estimation la plus précise pour les oligos utilise la thermodynamique des plus proches voisins : chaque étape de paire de bases adjacente contribue une enthalpie (ΔH) et une entropie (ΔS) connues, et la Tm découle de Tm = ΔH / (ΔS + R·ln(C_T/4)) avec une correction pour la concentration en sel. Ce calculateur utilise les paramètres unifiés de SantaLucia 1998.
La concentration en cations monovalents (Na⁺) et la concentration du brin d'oligo affectent toutes deux la Tm, entrez donc les valeurs de votre réaction. Pour des vérifications rapides, la règle de Wallace — 2 °C par A/T et 4 °C par G/C — fonctionne pour les oligos courts, et une formule basée sur le %GC est affichée pour les séquences plus longues. La séquence ne doit contenir que A, C, G et T (U est lu comme T).
Exemples
- GTAAAACGACGGCCAGT (amorce directe M13) fond autour de 50 °C à 50 mM Na⁺.
- Règle de Wallace : pour un 17-mère avec 8 A/T et 9 G/C, Tm = 2×8 + 4×9 = 52 °C.
- Augmenter la concentration en sel ou la concentration en oligo augmente la Tm.
Questions fréquentes
- Quelle méthode est la plus précise ?
- La méthode des plus proches voisins est la plus précise pour les oligonucléotides car elle tient compte de l'identité des bases voisines, pas seulement du contenu GC global. C'est la valeur principale ici.
- Pourquoi le sel et la concentration d'oligo comptent-ils ?
- Les cations stabilisent le duplex d'ADN, augmentant la Tm, et une concentration de brin plus élevée déplace l'équilibre vers le duplex. Les deux apparaissent dans l'équation des plus proches voisins, donc entrer les valeurs de votre réaction donne une Tm réaliste.
- Quand la règle de Wallace suffit-elle ?
- La règle de Wallace (2 °C par A/T, 4 °C par G/C) est une estimation rapide raisonnable pour les oligos de moins d'environ 14 bases, mais elle ignore le sel, la concentration et le contexte de séquence, donc elle dérive pour les amorces plus longues.
- Gère-t-il l'ARN ou les bases ambiguës ?
- L'uracile est lu comme la thymine, mais les paramètres des plus proches voisins sont pour l'ADN. Les codes IUPAC ambigus ne sont pas pris en charge — la séquence doit être A, C, G et T (ou U).