Calculateur RSCU
Calculez l'usage relatif des codons synonymes (RSCU) d'une séquence codante. Le RSCU mesure la fréquence d'utilisation d'un codon par rapport à ce qu'on attendrait si tous les codons synonymes de son acide aminé étaient utilisés également — les valeurs supérieures à 1 sont favorisées, inférieures à 1 sont évitées.
Collez une séquence codante ci-dessus pour calculer le RSCU.
Comment ça marche
L'usage relatif des codons synonymes (RSCU) normalise les décomptes de codons afin que la préférence de codon puisse être comparée indépendamment de la composition en acides aminés. Pour chaque codon, le RSCU est le nombre d'occurrences observées divisé par le nombre attendu si chaque codon synonyme de cet acide aminé était utilisé également. Il est égal au décompte multiplié par le nombre de codons synonymes, divisé par le décompte total de cet acide aminé.
Un RSCU de 1 signifie que le codon est utilisé exactement aussi souvent que prévu. Les valeurs supérieures à 1 marquent les codons surreprésentés (préférés) et les valeurs inférieures à 1 marquent ceux sous-représentés ; les codons des acides aminés à codon unique (Met, Trp) sont toujours à 1. Collez une séquence codante lue dans le cadre 1 — les codons surreprésentés sont mis en évidence.
Exemples
- L'usage égal de deux codons synonymes donne un RSCU de 1,0 pour chacun.
- Si AAA est utilisé trois fois et AAG une fois (tous deux Lysine), le RSCU est 1,5 et 0,5.
- La méthionine (ATG) et le tryptophane (TGG) ont toujours un RSCU de 1 — ils n'ont pas de synonymes.
Questions fréquentes
- Qu'est-ce que le RSCU ?
- L'usage relatif des codons synonymes est le rapport entre la fréquence observée d'un codon et sa fréquence attendue sous usage synonyme égal. Il révèle la préférence de codon indépendamment du contenu en acides aminés.
- Comment le RSCU est-il calculé ?
- RSCU = (décompte observé × nombre de codons synonymes pour l'acide aminé) ÷ (décompte total de tous les codons pour cet acide aminé). Une valeur de 1 signifie aucun biais.
- Que signifient les valeurs supérieures ou inférieures à 1 ?
- Supérieur à 1 signifie que le codon est utilisé plus que prévu (surreprésenté ou préféré) ; inférieur à 1 signifie qu'il est utilisé moins que prévu (sous-représenté). Exactement 1 signifie qu'il correspond à l'attente non biaisée.
- Pourquoi certains codons sont-ils toujours à 1 ?
- Les acides aminés codés par un seul codon — méthionine (ATG) et tryptophane (TGG) — n'ont pas d'alternatives synonymes, donc leur RSCU est toujours 1.