Convertisseur de score de qualité Phred
Convertissez un score de qualité Phred en probabilité d'erreur et précision d'appel de base, et visualisez les caractères ASCII Phred+33 et Phred+64 utilisés dans les fichiers FASTQ. Vous pouvez aussi convertir une probabilité d'erreur en score Q.
- Probabilité d'erreur
- 1.00e-2
- Caractère Phred+33
- 5
- Caractère Phred+64
- T
Entrez une probabilité d'erreur entre 0 et 1 pour obtenir le score Q.
Comment ça marche
Un score de qualité Phred Q encode la probabilité P qu'un appel de base soit incorrect, sur une échelle logarithmique : P = 10^(−Q/10), donc Q = −10 × log10(P). Un score plus élevé signifie un appel plus fiable — Q20 correspond à un taux d'erreur de 1 sur 100 (99 % de précision), Q30 à 1 sur 1000 (99,9 %), et Q40 à 1 sur 10000 (99,99 %).
Dans les fichiers FASTQ, le score est stocké sous forme d'un seul caractère ASCII. Sanger et Illumina moderne utilisent Phred+33 (ajouter 33 à Q et prendre ce caractère), tandis que les anciens pipelines Illumina utilisaient Phred+64. Entrez un score Q pour voir sa probabilité, sa précision et les deux caractères, ou entrez une probabilité d'erreur pour obtenir le Q équivalent.
Exemples
- Q20 → probabilité d'erreur 1e-2 → 99 % de précision → caractère Phred+33 '5'.
- Q30 → 1e-3 → 99,9 % de précision → caractère Phred+33 '?'.
- Q40 → 1e-4 → 99,99 % de précision → caractère Phred+33 'I'.
Questions fréquentes
- Qu'est-ce qu'un score de qualité Phred ?
- C'est une mesure de la confiance d'un appel de base en séquençage d'ADN, défini par Q = −10 × log10(P) où P est la probabilité que l'appel soit incorrect.
- Quelle est la différence entre Phred+33 et Phred+64 ?
- Ce sont deux encodages ASCII du score dans les fichiers FASTQ. Phred+33 (Sanger, Illumina 1.8+) ajoute 33 à Q ; Phred+64 (ancien Illumina) ajoute 64. Le bon décalage est nécessaire pour décoder les qualités.
- Quelle précision signifie Q30 ?
- Q30 correspond à une probabilité d'erreur de 0,001, soit 99,9 % de précision d'appel de base — une base incorrecte sur mille. C'est un seuil de qualité courant pour les lectures de séquençage.
- Comment convertir une probabilité en Q ?
- Utilisez Q = −10 × log10(P). Entrez la probabilité d'erreur dans le second champ et le calculateur renvoie le score Q.