Convertisseur IUPAC vers Regex
Transformez un motif nucléotidique dégénéré écrit avec des codes d'ambiguïté IUPAC en une expression régulière. Collez le résultat dans n'importe quel outil compatible regex pour rechercher le motif dans une séquence d'ADN.
Entrez un motif nucléotidique IUPAC pour obtenir sa regex.
Comment ça marche
Les codes d'ambiguïté IUPAC permettent à une seule lettre de représenter plusieurs bases possibles : N est n'importe quelle base, R est A ou G, Y est C ou T, W est A ou T, S est G ou C, et ainsi de suite. Pour rechercher un motif dégénéré dans une séquence, chaque code est développé en une classe de caractères d'expression régulière — par exemple N devient [ACGT] et R devient [AG] — tandis que les bases non ambiguës restent inchangées.
Entrez un motif et le convertisseur construit l'expression régulière équivalente. Collez-la dans un langage de programmation, un éditeur de texte, ou la recherche regex d'un navigateur de génome pour trouver toutes les correspondances du motif, y compris toutes les possibilités ambiguës.
Exemples
- GGNCC → GG[ACGT]CC (correspond à GGACC, GGCCC, GGGCC, GGTCC).
- GAATTC → GAATTC (le site EcoRI, sans ambiguïté).
- WS → [AT][GC].
Questions fréquentes
- Que sont les codes d'ambiguïté IUPAC ?
- Ce sont des codes à une lettre qui représentent un ensemble de nucléotides, comme R pour les purines (A/G), Y pour les pyrimidines (C/T) et N pour n'importe quelle base. Ils servent à décrire des amorces et motifs dégénérés.
- Comment la regex est-elle construite ?
- Chaque code est remplacé par une classe de caractères des bases qu'il représente — N devient [ACGT], R devient [AG] — et les bases simples restent inchangées, produisant un motif qui correspond à toutes les séquences possibles du motif.
- Où puis-je utiliser la regex ?
- Partout où les expressions régulières sont prises en charge : un langage de programmation, la recherche d'un éditeur de code, des outils en ligne de commande comme grep, ou une boîte de recherche de séquences qui accepte les regex.
- Est-ce sensible à la casse ?
- Le convertisseur met le motif en majuscules, donc le motif résultant correspond à une séquence en majuscules. Ajoutez un indicateur insensible à la casse dans votre moteur regex si vous devez aussi faire correspondre des bases en minuscules.