Traceur de biais GC (GC skew)
Tracez le biais GC, (G−C)/(G+C), le long d'une séquence d'ADN par fenêtres, ainsi que le biais cumulé. Les changements de biais GC cumulé marquent souvent l'origine et le terminus de réplication des génomes bactériens.
Collez une séquence d'ADN ci-dessus pour tracer son biais GC.
Comment ça marche
Le biais GC mesure le déséquilibre local entre guanine et cytosine sur un brin : (G − C) ÷ (G + C). Il est calculé ici par fenêtres non chevauchantes le long de la séquence, et le biais cumulé — la somme courante des valeurs par fenêtre — est tracé à côté.
Le biais GC est biologiquement informatif car les brins avancé et retardé d'un génome en réplication accumulent des biais mutationnels différents. Dans de nombreux chromosomes bactériens, le biais GC cumulé atteint un minimum à l'origine de réplication et un maximum au terminus, donc les points d'inflexion de la courbe cumulée aident à localiser ces caractéristiques. Choisissez une taille de fenêtre adaptée à la longueur de votre séquence ; les en-têtes FASTA et les caractères non alphabétiques sont ignorés.
Exemples
- Une fenêtre riche en GC (riche en G) donne un biais positif ; une fenêtre riche en C donne un biais négatif.
- Le minimum de la courbe cumulée marque souvent l'origine de réplication chez les bactéries.
- Une fenêtre équilibrée GGCC a un biais de 0.
Questions fréquentes
- Qu'est-ce que le biais GC ?
- Le biais GC est (G − C) ÷ (G + C) mesuré sur une fenêtre de séquence. Il capture l'asymétrie de brin entre le contenu en guanine et en cytosine.
- Pourquoi tracer le biais cumulé ?
- La somme cumulée lisse le bruit local et révèle les tendances à grande échelle. Ses points d'inflexion coïncident fréquemment avec l'origine et le terminus de réplication dans les génomes bactériens.
- Quelle taille de fenêtre dois-je utiliser ?
- Cela dépend de la longueur de la séquence — quelques centaines à quelques milliers de bases pour des génomes entiers, plus petite pour des séquences courtes. L'outil limite la fenêtre à la longueur de la séquence si nécessaire.
- Accepte-t-il le FASTA ?
- Oui. Les en-têtes FASTA, espaces et chiffres sont supprimés automatiquement avant le calcul du biais.