Calculateur de contenu GC
Collez une séquence d'ADN ou d'ARN pour obtenir son contenu GC, son contenu AT et sa composition en bases. Les en-têtes FASTA, espaces et chiffres sont ignorés, et U est compté comme T.
Collez une séquence ci-dessus pour voir son contenu GC.
Comment ça marche
Le contenu GC est la fraction de bases d'un acide nucléique qui sont soit de la guanine (G) soit de la cytosine (C), exprimée en pourcentage : %GC = (G + C) ÷ (A + T + G + C) × 100. Comme les paires de bases G-C sont maintenues par trois liaisons hydrogène plutôt que deux, le contenu GC est corrélé à la température de fusion et à la stabilité de la séquence.
Collez une séquence et le calculateur indique le pourcentage GC, le pourcentage AT complémentaire, la longueur et le décompte de chaque base. Les en-têtes FASTA, sauts de ligne, espaces et chiffres sont supprimés automatiquement, et l'uracile (U) de l'ARN est compté avec la thymine (T).
Exemples
- GGCC → contenu GC 100 %.
- ATGC → contenu GC 50 %, contenu AT 50 %.
- Une région à 60 % GC fond à une température plus élevée qu'une région à 40 % GC de même longueur.
Questions fréquentes
- Qu'est-ce que le contenu GC ?
- Le contenu GC est le pourcentage d'une séquence composé de guanine et de cytosine. Il est calculé comme (G + C) divisé par le nombre total de bases, multiplié par 100.
- Pourquoi le contenu GC est-il important ?
- Les paires G-C ont trois liaisons hydrogène contre deux pour A-T, donc un contenu GC plus élevé augmente la température de fusion et la stabilité de l'ADN. Il affecte aussi la conception des amorces PCR et reflète les caractéristiques du génome.
- Fonctionne-t-il pour l'ARN ?
- Oui. L'uracile (U) est compté comme la thymine (T), donc les séquences d'ARN donnent le contenu GC attendu.
- Quelle entrée puis-je coller ?
- Séquence simple ou FASTA. Les lignes commençant par > sont ignorées et les espaces et chiffres sont supprimés, donc coller directement depuis un fichier FASTA fonctionne.