Calculateur d'usage des codons
Collez une séquence codante pour tabuler la fréquence d'utilisation de chaque codon — décomptes totaux, fréquence pour 1000 codons, et la fraction que chaque codon représente parmi les codons synonymes de son acide aminé. La séquence est lue dans le cadre 1 ; U est traité comme T.
Collez une séquence codante ci-dessus pour voir son usage des codons.
Comment ça marche
L'usage des codons décrit la fréquence d'utilisation de chacun des 61 codons sens (et des 3 codons stop) pour coder une protéine. Comme la plupart des acides aminés sont spécifiés par plus d'un codon, les organismes et les gènes fortement exprimés ont tendance à favoriser certains codons synonymes — un biais qui compte pour l'expression génique et pour l'optimisation de gènes synthétiques.
Ce calculateur lit votre séquence dans le cadre 1, trois bases à la fois, et compte chaque codon. Pour chaque codon, il indique le décompte brut, la fréquence pour 1000 codons, et la fraction qu'il représente parmi les codons synonymes du même acide aminé. Collez une seule séquence codante ; les en-têtes FASTA, espaces et chiffres sont ignorés et U est lu comme T.
Exemples
- Une séquence de répétitions ATG montre ATG (Met) avec une fraction de 1,00.
- La fréquence pour 1000 permet de comparer l'usage des codons entre séquences de longueurs différentes.
- La colonne fraction révèle la préférence de codons synonymes au sein de chaque acide aminé.
Questions fréquentes
- Qu'est-ce que le biais d'usage des codons ?
- C'est l'utilisation inégale des codons synonymes — codons qui codent le même acide aminé. Les génomes et les gènes fortement exprimés préfèrent souvent certains codons qui correspondent à des ARNt abondants.
- Que signifie la fréquence pour 1000 ?
- Elle normalise le décompte brut en un taux pour 1000 codons, ce qui permet de comparer l'usage des codons entre séquences de longueurs différentes.
- Qu'est-ce que la colonne fraction ?
- C'est la proportion d'un codon parmi tous les codons synonymes de son acide aminé. Si la leucine est codée 10 fois et que CTG en représente 4, la fraction de CTG est 0,40.
- Quel cadre de lecture est utilisé ?
- La séquence est lue dans le cadre 1, à partir de la première base. Assurez-vous que votre entrée est une séquence codante dans le bon cadre — par exemple commençant au codon d'initiation.