Calculadora de Tm de Oligos
Calcula la temperatura de fusión de un oligo de ADN o cebador de PCR. El valor principal usa el método de vecino más cercano (SantaLucia 1998) con corrección de sal; se muestran también la regla básica de Wallace y la estimación por %GC para comparar.
Introduce una secuencia de ADN (solo A, C, G, T) para calcular su Tm.
Cómo funciona
La temperatura de fusión (Tm) es la temperatura a la que la mitad de un dúplex de ADN se disocia en hebras simples. La estimación más precisa para oligos usa la termodinámica de vecino más cercano: cada paso de par de bases adyacente aporta una entalpía (ΔH) y entropía (ΔS) conocidas, y la Tm se obtiene de Tm = ΔH / (ΔS + R·ln(C_T/4)) con una corrección por la concentración de sal. Esta calculadora usa los parámetros unificados de SantaLucia 1998.
La concentración de cationes monovalentes (Na⁺) y la concentración de la hebra de oligo afectan a la Tm, así que introduce los valores de tu reacción. Para comprobaciones rápidas, la regla de Wallace — 2 °C por A/T y 4 °C por G/C — funciona para oligos cortos, y se muestra una fórmula basada en %GC para secuencias más largas. La secuencia debe contener solo A, C, G y T (la U se lee como T).
Ejemplos
- GTAAAACGACGGCCAGT (cebador directo M13) funde alrededor de 50 °C con 50 mM de Na⁺.
- Regla de Wallace: para un 17-mero con 8 A/T y 9 G/C, Tm = 2×8 + 4×9 = 52 °C.
- Aumentar la concentración de sal o la concentración de oligo aumenta la Tm.
Preguntas frecuentes
- ¿Qué método es más preciso?
- El método de vecino más cercano es el más preciso para oligonucleótidos porque tiene en cuenta la identidad de las bases vecinas, no solo el contenido GC general. Es el valor principal aquí.
- ¿Por qué importan la sal y la concentración de oligo?
- Los cationes estabilizan el dúplex de ADN, elevando la Tm, y una mayor concentración de hebra desplaza el equilibrio hacia el dúplex. Ambos aparecen en la ecuación de vecino más cercano, así que introducir los valores de tu reacción da una Tm realista.
- ¿Cuándo es suficiente la regla de Wallace?
- La regla de Wallace (2 °C por A/T, 4 °C por G/C) es una estimación rápida razonable para oligos de menos de unas 14 bases, pero ignora la sal, la concentración y el contexto de secuencia, así que se desvía en cebadores más largos.
- ¿Admite ARN o bases ambiguas?
- El uracilo se lee como timina, pero los parámetros de vecino más cercano son para ADN. Los códigos IUPAC ambiguos no son compatibles — la secuencia debe ser A, C, G y T (o U).