Calculadora de RSCU
Calcula el Uso Relativo de Codones Sinónimos (RSCU) de una secuencia codificante. El RSCU mide con qué frecuencia se usa un codón en comparación con lo esperado si todos los codones sinónimos de su aminoácido se usaran por igual — valores superiores a 1 están favorecidos, inferiores a 1 están evitados.
Pega una secuencia codificante arriba para calcular el RSCU.
Cómo funciona
El Uso Relativo de Codones Sinónimos (RSCU) normaliza los conteos de codones para que la preferencia de codones se pueda comparar independientemente de la composición de aminoácidos. Para cada codón, el RSCU es el número observado de apariciones dividido entre el número esperado si cada codón sinónimo de ese aminoácido se usara por igual. Es igual al conteo multiplicado por el número de codones sinónimos, dividido entre el conteo total de ese aminoácido.
Un RSCU de 1 significa que el codón se usa exactamente con la frecuencia esperada. Valores superiores a 1 marcan codones sobrerrepresentados (preferidos) y valores inferiores a 1 marcan los subrepresentados; los codones de aminoácidos con un solo codón (Met, Trp) siempre son 1. Pega una secuencia codificante leída en el marco 1 — los codones sobrerrepresentados se resaltan.
Ejemplos
- El uso igualitario de dos codones sinónimos da un RSCU de 1.0 para cada uno.
- Si AAA se usa tres veces y AAG una vez (ambos Lisina), el RSCU es 1.5 y 0.5.
- La metionina (ATG) y el triptófano (TGG) siempre tienen RSCU 1 — no tienen sinónimos.
Preguntas frecuentes
- ¿Qué es el RSCU?
- El Uso Relativo de Codones Sinónimos es la razón entre la frecuencia observada de un codón y su frecuencia esperada bajo un uso sinónimo igualitario. Revela la preferencia de codones independientemente del contenido de aminoácidos.
- ¿Cómo se calcula el RSCU?
- RSCU = (conteo observado × número de codones sinónimos del aminoácido) ÷ (conteo total de todos los codones de ese aminoácido). Un valor de 1 significa que no hay sesgo.
- ¿Qué significan los valores por encima o por debajo de 1?
- Por encima de 1 significa que el codón se usa más de lo esperado (sobrerrepresentado o preferido); por debajo de 1 significa que se usa menos de lo esperado (subrepresentado). Exactamente 1 significa que coincide con la expectativa sin sesgo.
- ¿Por qué algunos codones siempre son 1?
- Los aminoácidos codificados por un solo codón — metionina (ATG) y triptófano (TGG) — no tienen alternativas sinónimas, así que su RSCU siempre es 1.