Conversor de IUPAC a Regex
Convierte un motivo de nucleótidos degenerado escrito con códigos de ambigüedad IUPAC en una expresión regular. Pega el resultado en cualquier herramienta compatible con regex para buscar el motivo en una secuencia de ADN.
Introduce un motivo de nucleótidos IUPAC para obtener su regex.
Cómo funciona
Los códigos de ambigüedad IUPAC permiten que una sola letra represente varias bases posibles: N es cualquier base, R es A o G, Y es C o T, W es A o T, S es G o C, y así sucesivamente. Para buscar un motivo degenerado en una secuencia, cada código se expande en una clase de caracteres de expresión regular — por ejemplo, N se convierte en [ACGT] y R se convierte en [AG] — mientras que las bases no ambiguas se mantienen igual.
Introduce un motivo y el conversor construye la expresión regular equivalente. Pégala en un lenguaje de programación, un editor de texto o la búsqueda por regex de un navegador de genomas para encontrar todas las coincidencias del motivo, incluyendo todas las posibilidades ambiguas.
Ejemplos
- GGNCC → GG[ACGT]CC (coincide con GGACC, GGCCC, GGGCC, GGTCC).
- GAATTC → GAATTC (el sitio EcoRI, sin ambigüedad).
- WS → [AT][GC].
Preguntas frecuentes
- ¿Qué son los códigos de ambigüedad IUPAC?
- Son códigos de una letra que representan un conjunto de nucleótidos, como R para purinas (A/G), Y para pirimidinas (C/T) y N para cualquier base. Se usan para describir cebadores y motivos degenerados.
- ¿Cómo se construye la expresión regular?
- Cada código se reemplaza por una clase de caracteres con las bases que representa — N se convierte en [ACGT], R se convierte en [AG] — y las bases simples se dejan sin cambios, produciendo un patrón que coincide con cada posible secuencia del motivo.
- ¿Dónde puedo usar la expresión regular?
- En cualquier lugar donde se admitan expresiones regulares: un lenguaje de programación, la búsqueda de un editor de código, herramientas de línea de comandos como grep, o un cuadro de búsqueda de secuencias que acepte regex.
- ¿Distingue mayúsculas y minúsculas?
- El conversor pone el motivo en mayúsculas, así que el patrón resultante coincide con secuencia en mayúsculas. Añade un indicador de no distinción de mayúsculas y minúsculas en tu motor de regex si también necesitas coincidir con bases en minúsculas.