Graficador de Sesgo GC
Grafica el sesgo GC, (G−C)/(G+C), a lo largo de una secuencia de ADN en ventanas, junto con el sesgo acumulado. Los cambios en el sesgo GC acumulado a menudo marcan el origen y el terminal de replicación de los genomas bacterianos.
Pega una secuencia de ADN arriba para graficar su sesgo GC.
Cómo funciona
El sesgo GC mide el desequilibrio local entre guanina y citosina en una hebra: (G − C) ÷ (G + C). Se calcula aquí en ventanas no solapadas a lo largo de la secuencia, y el sesgo acumulado — la suma progresiva de los valores por ventana — se grafica junto a él.
El sesgo GC es informativo desde el punto de vista biológico porque las hebras adelantada y retrasada de un genoma en replicación acumulan sesgos mutacionales diferentes. En muchos cromosomas bacterianos, el sesgo GC acumulado alcanza un mínimo en el origen de replicación y un máximo en el terminal, así que los puntos de inflexión de la curva acumulada ayudan a localizar estas características. Elige un tamaño de ventana apropiado para la longitud de tu secuencia; las cabeceras FASTA y los caracteres que no son letras se ignoran.
Ejemplos
- Una ventana rica en GC (con predominio de G) da un sesgo positivo; una ventana con predominio de C da un sesgo negativo.
- El mínimo de la curva acumulada a menudo marca el origen de replicación en bacterias.
- Una ventana GGCC equilibrada tiene un sesgo de 0.
Preguntas frecuentes
- ¿Qué es el sesgo GC?
- El sesgo GC es (G − C) ÷ (G + C) medido en una ventana de secuencia. Capta la asimetría de hebra entre el contenido de guanina y citosina.
- ¿Por qué graficar el sesgo acumulado?
- La suma acumulada suaviza el ruido local y revela tendencias a gran escala. Sus puntos de inflexión coinciden con frecuencia con el origen y el terminal de replicación en genomas bacterianos.
- ¿Qué tamaño de ventana debo usar?
- Depende de la longitud de la secuencia — de unos cientos a unos miles de bases para genomas completos, menos para secuencias cortas. La herramienta limita la ventana a la longitud de la secuencia si es necesario.
- ¿Acepta FASTA?
- Sí. Las cabeceras FASTA, los espacios en blanco y los números se eliminan automáticamente antes de calcular el sesgo.