Calculadora de Uso de Codones
Pega una secuencia codificante para tabular la frecuencia de uso de cada codón — conteos totales, frecuencia por 1000 codones y la fracción que representa cada codón entre los codones sinónimos de su aminoácido. La secuencia se lee en el marco 1; la U se trata como T.
Pega una secuencia codificante arriba para ver su uso de codones.
Cómo funciona
El uso de codones describe la frecuencia con la que se usa cada uno de los 61 codones con sentido (y los 3 codones de parada) para codificar una proteína. Como la mayoría de los aminoácidos se especifican con más de un codón, los organismos y los genes muy expresados tienden a favorecer determinados codones sinónimos — un sesgo relevante para la expresión génica y para optimizar genes sintéticos.
Esta calculadora lee tu secuencia en el marco 1, de tres en tres bases, y cuenta cada codón. Para cada codón informa el conteo bruto, la frecuencia por 1000 codones y la fracción que representa entre los codones sinónimos del mismo aminoácido. Pega una única secuencia codificante; las cabeceras FASTA, espacios y números se ignoran, y la U se lee como T.
Ejemplos
- Una secuencia de repeticiones de ATG muestra ATG (Met) con una fracción de 1.00.
- La frecuencia por 1000 permite comparar el uso de codones entre secuencias de diferente longitud.
- La columna de fracción revela la preferencia de codones sinónimos dentro de cada aminoácido.
Preguntas frecuentes
- ¿Qué es el sesgo de uso de codones?
- Es el uso desigual de codones sinónimos — codones que codifican el mismo aminoácido. Los genomas y los genes muy expresados suelen preferir determinados codones que coinciden con ARNt abundantes.
- ¿Qué significa la frecuencia por 1000?
- Normaliza el conteo bruto a una tasa por cada 1000 codones, para que puedas comparar el uso de codones entre secuencias de diferente longitud.
- ¿Qué es la columna de fracción?
- Es la proporción de un codón entre todos los codones sinónimos de su aminoácido. Si la leucina se codifica 10 veces y CTG representa 4 de ellas, la fracción de CTG es 0.40.
- ¿Qué marco de lectura se usa?
- La secuencia se lee en el marco 1, comenzando en la primera base. Asegúrate de que tu entrada sea una secuencia codificante en marco — por ejemplo, que comience en el codón de inicio.