RSCU-Rechner
Berechnen Sie die Relative Synonyme Codon-Nutzung (RSCU) einer Kodierungssequenz. RSCU misst, wie oft ein Codon im Vergleich zu dem erwarteten Wert verwendet wird, wenn alle synonymen Codons für seine Aminosäure gleich häufig verwendet würden — Werte über 1 sind bevorzugt, unter 1 werden gemieden.
Fügen Sie oben eine Kodierungssequenz ein, um RSCU zu berechnen.
So funktioniert es
Die Relative Synonyme Codon-Nutzung (RSCU) normalisiert Codon-Anzahlen, sodass die Codon-Präferenz unabhängig von der Aminosäurezusammensetzung verglichen werden kann. Für jedes Codon ist RSCU die beobachtete Anzahl des Vorkommens geteilt durch die erwartete Anzahl, wenn jedes synonyme Codon für diese Aminosäure gleich häufig verwendet würde. Sie entspricht der Anzahl multipliziert mit der Anzahl synonymer Codons, geteilt durch die Gesamtanzahl für diese Aminosäure.
Ein RSCU-Wert von 1 bedeutet, dass das Codon genau so oft verwendet wird wie erwartet. Werte über 1 markieren überrepräsentierte (bevorzugte) Codons, und Werte unter 1 markieren unterrepräsentierte; Codons für Aminosäuren mit einem einzigen Codon (Met, Trp) haben immer den Wert 1. Fügen Sie eine im Raster 1 gelesene Kodierungssequenz ein — überrepräsentierte Codons werden hervorgehoben.
Beispiele
- Gleiche Nutzung zweier synonymer Codons ergibt für jedes einen RSCU-Wert von 1,0.
- Wenn AAA drei Mal und AAG ein Mal verwendet wird (beide Lysin), beträgt RSCU 1,5 bzw. 0,5.
- Methionin (ATG) und Tryptophan (TGG) haben immer RSCU 1 — sie haben keine Synonyme.
Häufig gestellte Fragen
- Was ist RSCU?
- Die Relative Synonyme Codon-Nutzung ist das Verhältnis der beobachteten Häufigkeit eines Codons zu seiner erwarteten Häufigkeit bei gleicher synonymer Nutzung. Sie zeigt die Codon-Präferenz unabhängig vom Aminosäuregehalt.
- Wie wird RSCU berechnet?
- RSCU = (beobachtete Anzahl × Anzahl synonymer Codons für die Aminosäure) ÷ (Gesamtanzahl aller Codons für diese Aminosäure). Ein Wert von 1 bedeutet keine Verzerrung.
- Was bedeuten Werte über oder unter 1?
- Über 1 bedeutet, dass das Codon häufiger verwendet wird als erwartet (überrepräsentiert oder bevorzugt); unter 1 bedeutet, dass es seltener verwendet wird als erwartet (unterrepräsentiert). Genau 1 bedeutet, dass es der unverzerrten Erwartung entspricht.
- Warum sind manche Codons immer 1?
- Aminosäuren, die durch ein einziges Codon kodiert werden — Methionin (ATG) und Tryptophan (TGG) — haben keine synonymen Alternativen, sodass ihr RSCU-Wert immer 1 ist.