Phred-Qualitätswert-Konverter
Wandeln Sie einen Phred-Qualitätswert in seine Basenaufruf-Fehlerwahrscheinlichkeit und -Genauigkeit um und sehen Sie die in FASTQ-Dateien verwendeten Phred+33- und Phred+64-ASCII-Zeichen. Sie können auch eine Fehlerwahrscheinlichkeit zurück in einen Q-Wert umwandeln.
- Fehlerwahrscheinlichkeit
- 1.00e-2
- Phred+33-Zeichen
- 5
- Phred+64-Zeichen
- T
Geben Sie eine Fehlerwahrscheinlichkeit zwischen 0 und 1 ein, um den Q-Wert zu erhalten.
So funktioniert es
Ein Phred-Qualitätswert Q kodiert die Wahrscheinlichkeit P, dass ein Basenaufruf falsch ist, auf einer logarithmischen Skala: P = 10^(−Q/10), also Q = −10 × log10(P). Ein höherer Wert bedeutet einen zuverlässigeren Aufruf — Q20 entspricht einer Fehlerrate von 1 zu 100 (99% Genauigkeit), Q30 ist 1 zu 1000 (99,9%), und Q40 ist 1 zu 10000 (99,99%).
In FASTQ-Dateien wird der Wert als einzelnes ASCII-Zeichen gespeichert. Sanger und modernes Illumina verwenden Phred+33 (33 zu Q addieren und dieses Zeichen nehmen), während ältere Illumina-Pipelines Phred+64 verwendeten. Geben Sie einen Q-Wert ein, um seine Wahrscheinlichkeit, Genauigkeit und beide Zeichen zu sehen, oder geben Sie eine Fehlerwahrscheinlichkeit ein, um den entsprechenden Q-Wert zu erhalten.
Beispiele
- Q20 → Fehlerwahrscheinlichkeit 1e-2 → 99% Genauigkeit → Phred+33-Zeichen '5'.
- Q30 → 1e-3 → 99,9% Genauigkeit → Phred+33-Zeichen '?'.
- Q40 → 1e-4 → 99,99% Genauigkeit → Phred+33-Zeichen 'I'.
Häufig gestellte Fragen
- Was ist ein Phred-Qualitätswert?
- Es ist ein Maß für die Zuverlässigkeit eines Basenaufrufs bei der DNA-Sequenzierung, definiert als Q = −10 × log10(P), wobei P die Wahrscheinlichkeit ist, dass der Aufruf falsch ist.
- Was ist der Unterschied zwischen Phred+33 und Phred+64?
- Es sind zwei ASCII-Kodierungen des Werts in FASTQ-Dateien. Phred+33 (Sanger, Illumina 1.8+) addiert 33 zu Q; Phred+64 (älteres Illumina) addiert 64. Der richtige Offset ist notwendig, um Qualitäten zu dekodieren.
- Welche Genauigkeit bedeutet Q30?
- Q30 entspricht einer Fehlerwahrscheinlichkeit von 0,001 bzw. 99,9% Basenaufruf-Genauigkeit — eine falsche Base pro tausend. Es ist ein gängiger Qualitätsschwellenwert für Sequenzierungs-Reads.
- Wie rechne ich Wahrscheinlichkeit in Q um?
- Verwenden Sie Q = −10 × log10(P). Geben Sie die Fehlerwahrscheinlichkeit in das zweite Feld ein, und der Rechner gibt den Q-Wert zurück.