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GC-Skew-Plotter

Plotten Sie den GC-Skew, (G−C)/(G+C), entlang einer DNA-Sequenz in Fenstern, zusammen mit dem kumulativen Skew. Verschiebungen im kumulativen GC-Skew markieren oft den Replikationsursprung und -terminus bakterieller Genome.

Fügen Sie oben eine DNA-Sequenz ein, um ihren GC-Skew zu plotten.

So funktioniert es

Der GC-Skew misst das lokale Ungleichgewicht zwischen Guanin und Cytosin auf einem Strang: (G − C) ÷ (G + C). Er wird hier in nicht überlappenden Fenstern entlang der Sequenz berechnet, und der kumulative Skew — die laufende Summe der Werte pro Fenster — wird daneben geplottet.

GC-Skew ist biologisch aussagekräftig, weil der führende und der nachlaufende Strang eines sich replizierenden Genoms unterschiedliche Mutationsverzerrungen akkumulieren. In vielen bakteriellen Chromosomen erreicht der kumulative GC-Skew ein Minimum am Replikationsursprung und ein Maximum am Terminus, sodass die Wendepunkte der kumulativen Kurve helfen, diese Merkmale zu lokalisieren. Wählen Sie eine für Ihre Sequenzlänge geeignete Fenstergröße; FASTA-Header und Nicht-Buchstaben werden ignoriert.

Beispiele

  • Ein GC-reiches (G-lastiges) Fenster ergibt einen positiven Skew; ein C-lastiges Fenster ergibt einen negativen Skew.
  • Das Minimum der kumulativen Kurve markiert bei Bakterien oft den Replikationsursprung.
  • Ein ausgewogenes GGCC-Fenster hat einen Skew von 0.

Häufig gestellte Fragen

Was ist GC-Skew?
GC-Skew ist (G − C) ÷ (G + C), gemessen über ein Sequenzfenster. Er erfasst die Strangasymmetrie zwischen Guanin- und Cytosingehalt.
Warum den kumulativen Skew plotten?
Die kumulative Summe glättet lokales Rauschen und zeigt großflächige Trends. Ihre Wendepunkte fallen häufig mit dem Replikationsursprung und -terminus in bakteriellen Genomen zusammen.
Welche Fenstergröße sollte ich verwenden?
Das hängt von der Sequenzlänge ab — einige hundert bis einige tausend Basen für ganze Genome, kleiner für kurze Sequenzen. Das Tool passt das Fenster bei Bedarf an die Sequenzlänge an.
Akzeptiert es FASTA?
Ja. FASTA-Header, Leerzeichen und Zahlen werden vor der Berechnung des Skews automatisch entfernt.