Codon-Nutzungsrechner
Fügen Sie eine Kodierungssequenz ein, um zu tabellieren, wie oft jedes Codon verwendet wird — Gesamtanzahl, Häufigkeit pro 1000 Codons und der Anteil, den jedes Codon unter den synonymen Codons für seine Aminosäure ausmacht. Die Sequenz wird in Raster 1 gelesen; U wird als T behandelt.
Fügen Sie oben eine Kodierungssequenz ein, um ihre Codon-Nutzung zu sehen.
So funktioniert es
Die Codon-Nutzung beschreibt, wie oft jedes der 61 Sinncodons (und die 3 Stoppcodons) verwendet wird, um ein Protein zu kodieren. Da die meisten Aminosäuren durch mehr als ein Codon spezifiziert werden, bevorzugen Organismen und stark exprimierte Gene tendenziell bestimmte synonyme Codons — eine Präferenz, die für die Genexpression und die Optimierung synthetischer Gene wichtig ist.
Dieser Rechner liest Ihre Sequenz in Raster 1, jeweils drei Basen auf einmal, und zählt jedes Codon. Für jedes Codon gibt er die Rohanzahl, die Häufigkeit pro 1000 Codons und den Anteil an, den es unter den synonymen Codons für dieselbe Aminosäure ausmacht. Fügen Sie eine einzelne Kodierungssequenz ein; FASTA-Header, Leerzeichen und Zahlen werden ignoriert, und U wird als T gelesen.
Beispiele
- Eine Sequenz von ATG-Wiederholungen zeigt ATG (Met) mit einem Anteil von 1,00.
- Die Häufigkeit pro 1000 ermöglicht den Vergleich der Codon-Nutzung zwischen Sequenzen unterschiedlicher Länge.
- Die Anteilsspalte zeigt die Präferenz synonymer Codons innerhalb jeder Aminosäure.
Häufig gestellte Fragen
- Was ist Codon-Nutzungsverzerrung?
- Es ist die ungleiche Nutzung synonymer Codons — Codons, die dieselbe Aminosäure kodieren. Genome und stark exprimierte Gene bevorzugen oft bestimmte Codons, die zu häufig vorkommenden tRNAs passen.
- Was bedeutet Häufigkeit pro 1000?
- Sie normalisiert die Rohanzahl auf eine Rate pro 1000 Codons, sodass Sie die Codon-Nutzung zwischen Sequenzen unterschiedlicher Länge vergleichen können.
- Was ist die Anteilsspalte?
- Es ist der Anteil eines Codons unter allen synonymen Codons für seine Aminosäure. Wenn Leucin 10 Mal kodiert wird und CTG davon 4 Mal, beträgt der Anteil von CTG 0,40.
- Welches Leseraster wird verwendet?
- Die Sequenz wird in Raster 1 gelesen, beginnend bei der ersten Base. Stellen Sie sicher, dass Ihre Eingabe eine im Raster liegende Kodierungssequenz ist — zum Beispiel beginnend beim Startcodon.